舊號無故被封，小號再發(fā)一次
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Loupe Browser支持對Visium空間基因表達解決方案中的數(shù)據(jù)進行分析。這包括在組織圖像的空間范圍內全部執(zhí)行以下分析的能力：
- 詢問重要的基因。
- 表征和優(yōu)化集群。
- 執(zhí)行差異表達分析。
System Requirements
Windows
Windows 7 (64-bit) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended
Updated video/display drivers recommended
macOS
macOS 10.12 (Sierra) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended
下載與安裝
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/installation
要使用Loupe Browser，請打開Space Ranger分析軟件生成的任何.cloupe文件 。Space Ranger .cloupe文件嵌入了以下信息：
- 組織圖像的平鋪版本，用作Space Ranger的輸入以啟用縮放。
- 幻燈片上所有斑點的基因表達信息。
- 有關圖像中光斑對齊的信息。
- 斑點的各種基于基因表達的聚類信息，包括t-SNE和UMAP投影。
導航欄工具介紹
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/navigation
看著用法有點像PS啊
Spatial View
還能導入投影
有許多腳本和第三方工具可用于生成數(shù)據(jù)的不同投影，包括但不限于以下各項：
- 替代的聚類和投影算法，例如軌跡分析。
-
過濾數(shù)據(jù)以清除不想要的偽影，例如死亡或垂死的細胞。
image.png
導入投影的csv格式如下：
標頭是必需的。 - 第一列是條形碼，至少是.cloupe文件中條形碼的子集。
- 第二列是代表X坐標的數(shù)字。
- 第三列是代表Y坐標的數(shù)字。
教程-空間基因表達
更詳細的操作教程請參考官方網(wǎng)站https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/analysis#dataset
手動對齊圖像
Space Ranger管線使用 自動圖像檢測算法 來計算基準標記的位置，并找到組織的邊界。當不能自動識別對齊時，就要手動對齊了，請參考官網(wǎng)：
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/alignment
