【10X空間轉錄組Visium】（二）Loupe Browser 4.0.0

舊號無故被封，小號再發一次

更多空間轉錄組文章：

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2. 舊版Sptial

Loupe Browser支持對Visium空間基因表達解決方案中的數據進行分析。這包括在組織圖像的空間范圍內全部執行以下分析的能力：

  • 詢問重要的基因。
  • 表征和優化集群。
  • 執行差異表達分析。

System Requirements

Windows

Windows 7 (64-bit) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended
Updated video/display drivers recommended

macOS

macOS 10.12 (Sierra) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended

下載與安裝

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/installation
要使用Loupe Browser，請打開Space Ranger分析軟件生成的任何.cloupe文件 。Space Ranger .cloupe文件嵌入了以下信息：

  • 組織圖像的平鋪版本，用作Space Ranger的輸入以啟用縮放。
  • 幻燈片上所有斑點的基因表達信息。
  • 有關圖像中光斑對齊的信息。
  • 斑點的各種基于基因表達的聚類信息，包括t-SNE和UMAP投影。

導航欄工具介紹

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/navigation

image.png

看著用法有點像PS啊
Spatial View
image.png

還能導入投影
有許多腳本和第三方工具可用于生成數據的不同投影，包括但不限于以下各項：

  • 替代的聚類和投影算法，例如軌跡分析。

  • 過濾數據以清除不想要的偽影，例如死亡或垂死的細胞。


    image.png

    導入投影的csv格式如下：
    標頭是必需的。

  • 第一列是條形碼，至少是.cloupe文件中條形碼的子集。
  • 第二列是代表X坐標的數字。
  • 第三列是代表Y坐標的數字。

教程-空間基因表達

更詳細的操作教程請參考官方網站https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/analysis#dataset

手動對齊圖像

Space Ranger管線使用 自動圖像檢測算法 來計算基準標記的位置，并找到組織的邊界。當不能自動識別對齊時，就要手動對齊了，請參考官網：
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/alignment

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