forestplot.jpg
R實戰 | 森林圖繪制
回答一下R繪圖實戰|GSEA富集分析圖 - 知乎 (zhihu.com)里會員的問題。簡單的森林繪制。
Multivariate logistic regression determined independent candidate diagnostic biomarkers.
Ref：He S, Deng Z, Li Z, et al. Signatures of 4 autophagy-related genes as diagnostic markers of MDD and their correlation with immune infiltration. J Affect Disord. 2021;295:11-20. doi:10.1016/j.jad.2021.08.005
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森林圖
森林圖是一種簡單直觀地展示單一研究和匯總研究的圖形，廣泛應用于薈萃分析、觀察研究和臨床試驗中。
Odds ratio(OR)
在病例對照研究（case-control study）中，分析暴露風險因素與疾病（或者用藥）的關聯程度；主要是反映暴露與疾病之間關聯強度的指標，OR常適用于病例對照研究，也可以運用于前瞻性的研究（當觀察時間相等時）
OR值的統計學意義：
- OR>1，暴露與疾病的危險度增加，兩者呈正相關
- OR<1，暴露與疾病的危險度減少，兩者呈負相關
- OR=1，暴露與疾病的危險度無關，兩者呈不相關
繪制
library(survival)
library(survminer)
library(eoffice) #導出ppt用
# 構建模型
# 以colon數據為示例數據
# 時間變量是time，結局變量是status，自變量選擇 sex，rx和 adhere
model <- coxph( Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere,
data = colon )
# 森林圖
ggforest(model, #coxph得到的Cox回歸結果
data = colon, #數據集
main = 'Hazard ratio of colon', #標題
cpositions = c(0.05, 0.15, 0.35), #前三列距離
fontsize = 1, #字體大小
refLabel = 'reference', #相對變量的數值標簽，也可改為1
noDigits = 3 #保留HR值以及95%CI的小數位數
)
Snipaste_2022-03-04_22-16-36
參考
GitHub - cardiomoon/autoReg: R package autoReg
木舟筆記2022年度VIP企劃
關于木舟筆記2022年度VIP會員企劃
https://mp.weixin.qq.com/s/cTf38LqiV07ILX3PeVEQFA
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