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跟著Cell學(xué)作圖|12.韋恩圖(Vennerable包)
“實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)。”
“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)生信的最好辦法。”
2021.4.12_1
這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個Figure：Venn diagrams。
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韋恩圖
維恩圖（Venn diagram），或譯Venn圖、文氏圖、溫氏圖、韋恩圖，是在所謂的集合論或者類的理論數(shù)學(xué)分支中，在不太嚴(yán)格的意義下用以表示集合（或類）的一種草圖。維恩圖是科研文章中最常見的圖形了，可以表示多個數(shù)據(jù)集之間的交互作用。
因為常用，所以有非常多的工具。如，
在線網(wǎng)站
- VENN DIAGRAMS（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/）
- Venny2.1（https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html）
- BioVenn（http://www.biovenn.nl/）
- DeepVenn（http://www.deepvenn.com/）
常用R包
VennDiagramggvennggVennDiagram
等等。
大家根據(jù)需要，挑選自己喜歡的工具即可。本教程中，我將會使用Vennerable進(jìn)行繪制。
繪制
值得注意的是本圖中的圓圈大小與個數(shù)是成比例的，而不是等圓。
BiocManager::install("RBGL") #安裝依賴包
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安裝Vennerable包
library(Vennerable) #加載
data(StemCell) #使用內(nèi)置的數(shù)據(jù)集
str(StemCell)
Vstem <- Venn(StemCell)
Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)
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導(dǎo)出pdf或svg格式圖片，簡單經(jīng)過AI(Adobe Illustrator)加工后，出圖。
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寫在后面：
本系列重在復(fù)現(xiàn)，所以有些細(xì)節(jié)可能講的不是很詳細(xì)。大家有問題可以后臺私信，或者在我的B站：
木舟筆記進(jìn)行互動！制作不易，希望大家點贊、在看！
往期內(nèi)容：
- 跟著CELL學(xué)作圖|1.火山圖
- 跟著Cell學(xué)作圖 | 2.柱狀圖+誤差棒+散點+差異顯著性檢驗
- 跟著 Cell 學(xué)作圖 | 3.箱線圖+散點+差異顯著性檢驗
- 跟著 Cell 學(xué)作圖 | 4.小提琴圖
- 跟著Cell學(xué)作圖 | 5.UMAP降維分析
- 跟著Cell學(xué)作圖 | 6.時間序列分析(Mfuzz包)
- 跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫)
- 跟著Cell學(xué)作圖|8.富集分析網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO)
- 跟著Cell學(xué)作圖|9.PPI分析(GeNets數(shù)據(jù)庫)
- 跟著Cell學(xué)作圖|10.復(fù)雜熱圖
- 跟著Cell學(xué)作圖| 11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
