Conda是開放源代碼的軟件包管理系統和環境管理系統。miniconda是Conda的精簡版本，我們一般使用miniconda進行生信上游流程軟件的安裝。
相比于其他軟件下載方式，其優勢在于能簡單快捷下載軟件及其所需的依賴環境，并且為每個流程創建單獨的環境，避免軟件之間可能引起的沖突。
Conda官網：Conda — Conda documentation
conda.png
本例中使用的為windows子系統——Ubuntu，其下載和配置見Windows子系統的體驗與配置——Ubuntu-22.04 - 簡書 (jianshu.com)
1. miniconda3的下載安裝
- 切換到安裝位置（一般為主目錄~）， 從中科大鏡像下載最新的miniconda3，bash啟動安裝，一直enter、yes就可以了。
wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
- 若想平時不在conda環境，則需要將.bashrc文件中的conda設置內容注釋 。
平時在~/miniconda3/bin/下執行 source activate就可使用conda了。
更便捷的方法是在~/.bashrc 下添加 ：
alias condaac='source ~/miniconda3/bin/activate'
設置后使用condaac命令就可以快捷地激活conda環境了
注釋掉conda 啟動代碼，添加alias
2. 設置conda鏡像源
依次輸入以下命令設置軟件鏡像源，并展示鏡像源地址，一般設下載地址為清華，也可以選擇其他。注意，要用 bioconda 源，必須先設置 conda-forge 源，并且 conda-forge 源優先級是最高的
清華：anaconda | 鏡像站使用幫助 | 清華大學開源軟件鏡像站 | Tsinghua Open Source Mirror
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
北外鏡像：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
中科大：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
其他一些命令：
conda config --show channels #顯示鏡像源
conda config --show-sources #顯示鏡像源
conda config --remove channels https://*** #刪除鏡像源
3. 創建流程環境
- 創建rna流程環境，指定python版本為3，同時下載sra-tools 軟件
conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools
conda env list #查看環境
conda activate rna_p3 #進入conda 環境
conda deactivate #退出當前conda環境
- 如果想重命名環境：先新建clone再進行刪除
conda create -n rna --clone rna_p3
conda remove -n rna_p3 --all
4. 軟件的下載管理
conda安裝包在線查詢 https://anaconda.org/
conda install （-y）軟件名 # 安裝軟件
conda install 軟件名=版本號 # 安裝特定版本軟件
conda search 軟件名 #搜索軟件
conda list # 列出已安裝軟件
conda update 軟件名 #更新軟件
conda remove 軟件名 #卸載軟件
5. 在腳本中切換conda環境
若想在腳本中切換conda環境，腳本內容如下，腳本執行完后會自動退回當前環境
source ~/miniconda3/bin/activate rna_p3
python --version
conda info --envs
#####命令
python --version
conda info --envs
或者先在腳本執行source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh，再使用conda命令
6. 環境遷移：導出安裝包列表成為yaml文件
如果想要遷移環境中的安裝包到其他計算機上，可以導出yaml文件
conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3
conda env create -f rna_p3_env.yaml
參考資料：
conda的安裝與使用（2021-04-27更新） - 簡書 (jianshu.com)
bioconda channel設置 - 簡書 (jianshu.com)
【生信技能樹】轉錄組測序數據分析_嗶哩嗶哩_bilibili
