今天安裝了conda，走了好多彎路心情極度暴躁（之前都是直接用的別人下的軟件，但因?yàn)檫@次要下軟件的他們沒下過，又聽說用conda很方便，所以就想學(xué)習(xí)通過conda下一個）
下載背景：其實(shí)集群里我的.bashrc文件里已經(jīng)有一個conda路徑了（應(yīng)該師兄下的）：which conda是能找到的，但是不知道為啥用那個conda進(jìn)行 conda install ...的時候總是報錯，就干脆自己下一個了，也是學(xué)習(xí)的過程，這里下的是miniconda3
第一步：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（下載網(wǎng)址是：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html，網(wǎng)址最下面有Linux installers，選擇Miniconda3 Linux 64-bit，再右鍵復(fù)制鏈接地址，這個鏈接地址就是https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh了）
第二步：
下載好sh文件后，運(yùn)行： bash?Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
運(yùn)行過程中的問題選擇yes就行。關(guān)于運(yùn)行過程中出現(xiàn)的一個要不要初始化的問題，有看到網(wǎng)上有人說選擇no比較好，以免與已有的軟件不兼容，這里可以自己選擇，因?yàn)槲也惶宄贿^不管選擇yes還是no好像都能完成安裝。（我選擇的是yes）
這里下載后應(yīng)該是默認(rèn)安裝在home目錄下： ~/your_name/miniconda3
第三步：
環(huán)境變量的配置（聽同學(xué)說，她下載好后，.bashrc文件里直接有關(guān)于conda的內(nèi)容了，但是可能是因?yàn)槲业沫h(huán)境變量里本來就有conda了（下載背景里提到的），所以我這里..反正是沒有自動出現(xiàn)在我的.bashrc文件里，于是在自己下載了miniconda后，又自己手動再配置了一遍——把原來的全部注釋掉，地址換成自己的地址）。.
①vim ~/.bashrc? #編輯.bashrc 文件
②bashrc文件里關(guān)于conda的部分如下：
# <<< conda initialize <<
__conda_setup="$('/conda安裝的地址/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
? eval "$__conda_setup"
else
? if [ -f "/conda安裝的地址/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
? ? . "/conda安裝的地址/etc/profile.d/conda.sh"
? else
? ? export PATH="conda安裝的地址/bin:$PATH"
? fi
fi
unset __conda_setup?
# <<< conda initialize <<
第四步：
source ~/.bashrc
第五步：
利用conda下載軟件：conda install -c bioconda 軟件名 ? （雖然下的是miniconda3，但是命令里用的還是conda哦）
也可以通過如下方式獲得安裝命令（圖片上傳失敗了嚶嚶嚶）：在https://anaconda.org/ 里搜索你要下載的軟件名——點(diǎn)擊你要下載的那一個軟件（搜索后會出來不同版本、名字相近的軟件）——點(diǎn)擊進(jìn)入后，下拉頁面，會有用conda下載該軟件可用的命令，如conda install -c bioconda samtools 和?conda install -c bioconda/label/cf201901 samtools
到這里conda就安裝好并且可以利用conda來下載軟件了，遇到的問題：
1、原本在集群的節(jié)點(diǎn)1下載安裝的，總是報錯，后來換了節(jié)點(diǎn)2就可以了（同學(xué)說是節(jié)點(diǎn)2才聯(lián)網(wǎng)，這里我還真不太清楚，關(guān)于不同的節(jié)點(diǎn)，可能還要再學(xué)習(xí)下到底是什么意思，之前只是死板的用ssh跳轉(zhuǎn)就完事了）
2、最開始按照的網(wǎng)上的下載教程，安裝完conda好、利用conda下載別的軟件前，還要創(chuàng)建虛擬環(huán)境，但是我在這個過程中瘋狂報錯：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 。參考了網(wǎng)上很多的解決方法：
① https://blog.csdn.net/Copper01/article/details/97134974?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.baidujs&dist_request_id=1328707.489.16166807356501553&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.baidujs （解決Anaconda出現(xiàn)CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url問題）
② https://blog.csdn.net/qq_29861217/article/details/94051055（關(guān)于使用anaconda出現(xiàn)CondaHTTPError問題的解決）
③http://www.lxweimin.com/p/429a9a1c3613 （miniconda安裝軟件流程）
為了解決報錯，我采取了包括加入清華鏡像源、刪除 ~/.condarc文件中的defult一行、把.condarc文件中的https改成http等等，都沒能解決報錯。
問同學(xué)他們之前是怎么操作的，說是根本沒有創(chuàng)建conda環(huán)境，于是我把我的 .condarc 文件清空、再conda deactivate 退出（表現(xiàn)為命令行前段不顯示（base））、然后直接conda install -c bioconda 軟件名，就成功了（這里要是在上述的節(jié)點(diǎn)2下載軟件才行）。這是為什么我還是不明白，如果有大神能幫忙解答疑惑，非常感謝！
3、關(guān)于conda的激活和添加鏡像，上面鏈接③里講的挺詳細(xì)的（雖然我沒用到，但是基于我在這上面瘋狂報錯還浪費(fèi)了不少時間，還是把相關(guān)知識點(diǎn)記錄一下吧），簡而言之：
1）conda激活：source ~/miniconda3/bin/activate? （或者conda activate）
2）conda添加國內(nèi)鏡像：conda config --add channels 網(wǎng)址（詳見上方鏈接，我也不知道這個網(wǎng)址哪里來的，清華鏡像源），使用了conda config命令后，會自動在home目錄下生成.condarc文件，里面會有我們添加的鏡像信息
3）創(chuàng)建虛擬環(huán)境：conda create -n name1 python=3.8?
或者conda create --name name1 python=3.8
(python版本應(yīng)該是可以通過 conda list 命令查看，網(wǎng)上看到說不用python= 也行，說是不寫就是用默認(rèn)安裝的python；name1是你為創(chuàng)建的虛擬環(huán)境起的一個名)
4）進(jìn)入環(huán)境：source activate name1?
5）可以利用conda下載軟件了
僅以此文，記錄下今天的conda下載~
