一、軟件安裝

軟件安裝可以參考Jimmy寫的軟件的安裝代碼：
生物信息學常見1000個軟件的安裝代碼！
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

安裝軟件時候

1. 優先安裝能解壓直接用的那種，比如：wget命令；（二進制文件的安裝，下載，解壓，將其放進環境變量即可source一下）
2. 其次考慮安裝到conda環境中，再次考慮直接conda install XX，把它裝到miniconda3/bin里；
3. 最后可以考慮使用 configure make 這種安裝方式。
4. 另外還有腳本的安裝命令，例如perl、python等。
5. 還有系統版本自帶的一些安裝軟件，例如yum，apt-get，cpan，cran，pip，binconda .....

對于每次安裝都出現錯誤，牽扯到usr/local的結構時，或是某些安裝路徑的問題，嘗試一下軟件的絕對路徑。

二、重新安裝conda

不小心將conda刪除，想重新安裝。

1.徹底刪除conda相關

進入.bashrc查看conda的原來的環境變量，找到conda的位置：/xx/xx/xx/xxxxxx，查看是否刪除干凈；然后重新進入.bashrc中，刪除conda原來的環境變量，

vim ~/.bashrc

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/xx/xx/xx/xxxxxxx' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/xx/xx/xx/xxxxxxx/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/xx/xx/xx/xxxxxxxetc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/xx/xx/xx/xxxxxxx/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

2.重新安裝

conda對應著Python的版本 ，查看自己所在的系統的python的版本，在官網上找到合適的conda的版本，通常情況下，下載miniconda（anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda則是精簡版，需要啥裝啥，此處安裝的是miconda）

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

（可以給其添加執行權限：chmod 777 Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh）
安裝

bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

按照提示按回車鍵ENTER或者是yes；
在選擇安裝到的目錄時，可以指定你想要安裝的目錄（/xx/xx/xx/xxxxxxx/）；設定的安裝目錄要和后邊設置的環境變量保持一致；
在詢問是否將miniconda添加到環境變量時，輸入yes將自動添加到環境變量中，若是按回車鍵ENTER，則不會自動添加到環境變量中，后面需要自己手動添加；
不管是自動添加的環境變量還是手動添加的環境變量，都需要source ~/.bashrc
這樣的話，才能用conda代替/xx/xx/xx/xxxxxxx/conda

可以用其進行測試。

conda -V

三、conda3設置python2的環境

1.安裝conda的虛擬環境——python2（你創建的虛擬環境的名字）

conda create -n python2 python=2.7

2.轉換到Python2的環境

conda activate python2
conda deactivate##退出當前環境

四、conda的基本命令

參考https://docs.conda.io/projects/conda/en/4.6.0/commands/clean.html

conda install XXXX ##安裝軟件
conda install -c bioconda XXXX ##安裝生物類軟件
# 建議直接去Anaconda網站(https://anaconda.org/) 搜索，使用提供的參考命令進行下載

conda uninstall XXXX  ## 卸載該環境中的某軟件

conda info -e  ## 查看已創建的環境
conda remove -n XXXX --all  ## 移除某環境

conda list  ## 查看conda安裝了哪些包
conda env list  ## 和 conda info -e 一樣，查看安裝的虛擬環境

......

五、報錯

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64'

解決方案：

1.連接網絡的信號不好，重新嘗試上述安裝命令
2.若是重新嘗試仍報錯，更換下載源

vim ~/.condarc ##進入conda的配置文件

更換成清華的源，并將- defaults此選項進行移除；再重新嘗試安裝命令

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
show_channel_urls: true

查看下載源（鏡像）

conda config --get channels

conda下載

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
（可以給其添加執行權限：chmod 777 Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh）
安裝
bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

按照提示按回車鍵ENTER或者是yes；
在選擇安裝到的目錄時，可以指定你想要安裝的目錄（/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3）
在詢問是否將miniconda添加到環境變量時，輸入yes將自動添加到環境變量中，若是按回車鍵ENTER，則不會自動添加到環境變量中，后面需要自己手動添加；

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

不管是自動添加的環境變量還是手動添加的環境變量，都需要source ~/.bashrc
這樣的話，才能用conda代替/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin/conda

conda -V 可以用其進行測試。

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按照提示按回車鍵ENTER或者是yes；
在選擇安裝到的目錄時，可以指定你想要安裝的目錄（/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3）
在詢問是否將miniconda添加到環境變量時，輸入yes將自動添加到環境變量中，若是按回車鍵ENTER，則不會自動添加到環境變量中，后面需要自己手動添加；
不管是自動添加的環境變量還是手動添加的環境變量，都需要source ~/.bashrc