謝琰奉旨率領北府軍擊敗了孫恩的部將許允之，迎接太守魏隱回到了郡城，然后進軍又擊敗了丘尪（wang）。謝琰與劉牢之邊戰邊前進，所到之處，每戰必勝。隨后，謝玄留在烏程駐扎，派遣高素前去為劉牢之助戰。

當初，彭城人劉裕生下來后，母親便死去了，他的父親客居京口，家境貧困，無力撫養，想把他扔掉。劉懷敬的母親是劉裕的姨母，她生下劉懷敬還不到一年，聽到了這個消息，便來到劉裕的家中把他救了下來，斷了劉懷敬的奶來喂養劉裕，他才得以活下來。

劉裕長大后，非常勇武健壯，胸懷遠大的志向，對待姨母非常的孝順。他識字不多，靠販賣鞋子維持生計，又愛好摴蒱這種賭博游戲，由于一向貧困，同村的人都很輕視他。

劉牢之征討孫恩，劉裕被征召入伍，劉牢之派他帶領幾十個人去探聽對方軍隊的動靜，結果碰上一支數千人的軍隊，劉裕立即上前攻擊，跟他同來的士兵全部被殺死，劉裕也跌進河岸下。

叛兵來到河岸邊準備下去，劉裕奮勇地揮舞大刀，仰面朝上砍死了數名敵人，才得以重新登上岸來，仍然大吼著追殺敵人。

劉牢之的兒子劉敬宣奇怪劉裕怎么這么出發這么久還沒有回來，帶著士兵出去尋找他，正好看見劉裕一個人手舞長刀在酣戰，大家同聲感嘆，于是沖上去一起追殺叛軍，將他們打得大敗，斬殺千余人。二劉也在戰斗中結下了深厚的情誼，后來歷經很多波折，始終能并肩戰斗。

最初，孫恩聽說附近八個郡的民眾都來響應他，躊躇滿志地對部屬說：“天下再也不會有什么大事了，我將與諸位一起穿著朝廷的官服到建康去。”

不久，聽說是劉牢之帶兵來到浙江邊上，又改口說：“我即使只割據浙江以東的地區，也還可以做個越王勾踐。”

沒多久，劉牢之帶領大軍渡過浙江，孫恩聽說后說：“我并不覺得逃走就是恥辱。”于是驅趕裹脅男女百姓二十多萬人向東逃走，一路上扔掉了許多金銀財寶和婦女孩童，官軍在路上競相揀取他們扔下的東西，孫恩因此才得以逃脫，再一次跑進了海島。高素在山陰擊敗了孫恩的黨羽，殺了他的部將。

東部地區的幾個郡縣遭逢戰亂，時刻盼望朝廷官軍的到來。不久，劉牢之的軍隊是到達了，卻放縱軍士大肆搶掠，當地的士人、百姓大失所望，紛紛逃離，各郡各縣中再也看不見人的蹤跡，一個多月后才漸漸有人回來。

朝廷擔心孫恩會再回來，任命謝琰為會稽太守，都督五郡軍事，統率他的徐州舊部文武官員在東海沿線駐防戍守。

接著又任命司馬元顯錄尚書事，當時的人們稱其父司馬道子是東錄，司馬元顯是西錄。西錄府門前車馬擁擠不堪，東錄府門前卻門可羅雀無人造訪。

司馬元顯其人沒有一個正派的老師或是朋友，他親信的人都是阿諛奸佞的小人，他們有的說他是舉世無雙的英杰，有的說他是風流瀟灑的名士。從此，司馬元顯是一天比一天驕縱奢侈，竟暗示禮官提議，說因為他自己德性極高，深孚眾望，既然已經統領文武百官，文武百官便應該對他表示尊敬。從此公卿以下的所有官員，見到司馬元顯都實行跪拜之禮

當時軍隊幾次征伐，國庫已經空虛枯竭，司徒以下的官員，每天只能領七升糧食，但司馬元顯卻仍然不停地搜刮民財、聚斂錢物，其富有程度竟然超過皇帝。

荊州的殷仲堪擔心桓玄過于專橫暴戾，就與楊佺期結成姻親，互為助援。楊佺期幾次打算進攻桓玄，每次都是被殷仲堪竭力阻止。

桓玄也擔心自己最終被殷仲堪、楊佺期剿滅，于是向朝中的掌權者要求擴大他所統領的地區。

朝中掌權者也打算在他們之間制造矛盾，使他們的聯盟解體，于是加任桓玄為都督荊州四郡軍事，同時，讓桓玄的哥哥桓偉代替楊佺期的哥哥楊廣做了南蠻校尉。

楊佺期得知消息后既氣憤又害怕，楊廣本想拒絕桓偉前來接任，但殷仲堪不允許，把楊廣調到去做宜都、建平兩個郡的太守。楊佺期的弟弟楊孜敬本來是江夏相，桓玄派兵去襲擊并劫持了他，任命他做了自己的咨議參軍。

楊佺期整頓部隊，聲稱要北上去援救洛陽，其實打算與殷仲堪一起去進攻桓玄。殷仲堪雖然表面上與楊佺期結交，內心里卻又懷疑他的用心，所以對楊佺期苦苦相勸，還擔心不能阻止楊佺期的行動，又派遣堂弟殷遹（yu）駐扎在北部地區，用來遏止楊佺期。楊佺期無法自己獨立起事，又推測不出殷仲堪的真實用意，只好停止行動。

殷仲堪生性多疑，辦事缺少決斷，他的咨議參軍羅企生對弟弟羅遵生說：“殷侯為人仁慈，卻優柔寡斷，一定會遭逢大難，我承蒙他的知遇之恩，在道義上是不能離開他的，將來一定會因他而死。”

這一年，荊州暴雨成災、洪水泛濫，平地的水達到三丈，殷仲堪把府庫中的儲備糧食全部拿出來賑濟災民。

桓玄看機會來了，決定趁殷仲堪內部空虛的時候征討他，于是發動軍隊向西進發，也聲言要北上去援助洛陽，并給殷仲堪寫信說：“楊佺期接受國家的恩寵，但是放棄帝王的陵墓不管，我們應該一起向他興師問罪。現在應當進入沔水去討伐楊佺期，我已經在沔水入長江口這一帶集結了兵力，如果你的看法與我一致，可以將楊廣抓起來殺掉；如果不這樣做，我就要率大軍進入長江，攻擊江陵。”

這時，江陵還有積存的糧食，桓玄派兵前去搶奪。梁州刺史郭銓正趕去上任，途中經過夏口，桓玄騙殷仲堪說，朝廷派遣郭銓擔任自己的前鋒，于是把江夏的部隊全部交給他管理，并讓他監督統領一支部隊前進，暗中又告訴自己的哥哥桓偉作為內應。

桓偉驚慌失措，不知道該怎么辦，把桓玄的密信送交給殷仲堪看，殷仲堪將他扣下作為人質，命令他給桓玄寫信，文辭凄苦到極點。桓玄收到信后冷笑說：“殷仲堪為人沒有決斷，常常在打仗之前患得患失、計較成敗，為自己的兒子考慮、留后路，我哥哥一定安全，不必憂慮。”