王恭一向依仗自己的家族地位和才華看不起同僚，逼殺王國寶之后，他更認(rèn)為他的聲望沒有人敢違逆，他既依仗劉牢之的才干，又只把他當(dāng)做自己的私人部屬那樣對待，劉牢之一向?qū)ψ约旱牟拍芎茏载?fù)，感到深深的羞辱和氣憤。
司馬元顯知道這個情況后，派遣劉牢之的親家，廬江太守高素前去游說，唆使劉牢之背叛王恭，并且答應(yīng)事成之后便把王恭的職位、封號全部轉(zhuǎn)授給他。高素把司馬道子的親筆信交給了劉牢之，向他陳說了禍福利害。
劉牢之對兒子劉敬宣說：“王恭過去蒙受先帝的大恩大德，現(xiàn)在還是皇上的舅舅，但是他不能作為羽翼擁戴王室，反而多次向京師發(fā)兵，我真不敢想象王恭的野心有多大，他的計劃一旦實現(xiàn)，他還能繼續(xù)處在皇上和相王的手下嗎？我打算遵奉朝廷的威儀與旨意，用順乎民心的舉動來討伐叛逆，你看如何？”
劉敬宣說：“現(xiàn)在的朝廷雖然沒有周成王、周康王當(dāng)政時那么完美，但也不像周幽王、周厲王時期那樣的昏庸殘暴，而王恭卻依仗軍隊的威勢，蔑視、凌辱王室。父親您與他在感情上即不是骨肉關(guān)系，在道義上也不是君臣關(guān)系，雖然一起共事一段時間，脾氣秉性愛好也并不和諧、投機(jī)，您今天去討伐他，于情于理沒有什么關(guān)系。”
王恭的參軍何澹之知道了他們的打算和計劃，把這些告訴了王恭。王恭因為知道何澹之歷來與劉牢之有矛盾，所以沒有相信何澹之的話。
王恭備下酒席，宴請劉牢之，當(dāng)著眾人的面，拜劉牢之為義兄，又把自己的精銳部隊和所有的好裝備，全部配備給劉牢之，讓他率領(lǐng)顏延作為前鋒。
劉牢之來到竹里，便斬了顏延宣布投降朝廷，他派兒子劉敬宣和女婿高雅之回?fù)敉豕АＭ豕Т藭r正在城外閱兵示威，劉敬宣驅(qū)使騎兵攻擊他的隊伍，王恭的軍隊全部潰散。王恭想要回城時，高雅之已經(jīng)關(guān)閉了城門。
王恭單人匹馬逃奔曲阿，他平時不怎么習(xí)慣騎馬，以致于把大腿內(nèi)側(cè)都磨破了。曲阿人殷確是王恭過去的下屬，他用船載著王恭，打算前去投奔桓玄，剛到長塘湖，卻被人告密，抓住王恭押往京師，在倪塘斬首。
王恭臨死時，還在從容不迫的梳理著自己的胡須，神色像平時那樣自然。他對監(jiān)督施刑的人說：“我王恭愚昧無知，輕率地相信別人，才到了今天這個地步，但我的內(nèi)心是忠于朝廷的啊，但愿百代以后的人們還能知道有過我王恭這個人。”
王恭和他的兒子、兄弟、同伙全部被處死，朝廷任命劉牢之都督七州諸軍事，替代了王恭。
王恭雖然被殺，楊佺期和桓玄的軍隊已經(jīng)來到了石頭城下，殷仲堪也到達(dá)蕪湖，司馬元顯從竹里飛奔回到京師，派王愷等人征發(fā)百姓幾萬人據(jù)守石頭，以抵抗楊佺期和桓玄的進(jìn)攻。
楊佺期和桓玄等人向朝廷聯(lián)名呈上奏章為王恭申辯，請求誅殺劉牢之。劉牢之則統(tǒng)率著大名鼎鼎的北府軍迅速趕到京師，駐扎在新亭。
楊佺期、桓玄一看這種情況，大驚失色，只好把部隊撤退到蔡州，朝廷并不了解殷仲堪部隊的虛實，看到他擁有幾萬人，漫山遍野都是他的人馬，感到內(nèi)憂外患，憂心忡忡。
左衛(wèi)將軍桓修是桓沖的兒子，他向司馬道子進(jìn)言道：“西部這支軍隊可以使他們分化瓦解，我知道他們內(nèi)部的情況。殷仲堪、桓玄他們這些人，全都是依賴王恭，王恭既已被殺，他們一定會感到沮喪恐慌。現(xiàn)在如果答應(yīng)用很大的好處來誘惑桓玄和楊佺期，他們二人一定會心中暗喜。這樣一來，桓玄可以制住殷仲堪，楊佺期也可以判降過來，殷仲堪自然可以拿下了。”
司馬道子采納了他的意見，任命桓玄為江州刺史，召郗恢回朝擔(dān)任尚書，任命楊佺期都督三州諸軍事、雍州刺史，又任命桓修為荊州刺史，命令劉牢之派一千人護(hù)送他去上任，又貶黜殷仲堪為廣州刺史，派殷仲堪的叔父殷茂去宣讀詔書，敕令殷仲堪馬上撤回部隊。
殷仲堪接到朝廷的詔書，勃然大怒，他認(rèn)為王恭雖然失敗，憑自己的兵力也足以成事，便催促桓玄、楊佺期繼續(xù)向京師進(jìn)軍。桓玄等人對朝廷的任命感到很高興，打算接受，正在猶豫不決。
殷仲堪的弟弟殷遹是楊佺期的屬下，他連夜告訴殷仲堪，楊佺期等人接受了朝廷的任命。殷仲堪惶惶不安，匆忙地從蕪湖向南撤退，并且派人告訴蔡洲的軍士說：“你們這些人如果還不各自散伙回家，等我回到江陵，把你們的家眷全部殺掉。”
楊佺期的部將劉系趕快帶領(lǐng)二千人馬率先撤退了，桓玄等人非常害怕，也狼狽地向西撤軍。他們拼命地追趕殷仲堪，直到尋陽方才趕上。此時的殷仲堪已經(jīng)失去了職務(wù)，也只能依靠桓玄等人做自己的聲援，桓玄等人也要倚重殷仲堪的軍隊，因此，他們雖然在心中暗自互相猜疑，但在形勢的逼迫下又不得不聯(lián)合起來。
他們交換了兒子兄弟做人質(zhì)，在尋陽正式締結(jié)盟約，決定共同進(jìn)退，一致拒絕接受朝廷的任命和指揮，并且聯(lián)名上了一道奏章為王恭申辯，請求誅殺劉牢之以及司馬尚之，又質(zhì)問殷仲堪沒有罪過，為什么獨獨被降職貶黜。
朝廷非常懼怕，宮廷內(nèi)外一片騷亂，于是朝廷不得已罷免了桓修的官職，把荊州又還給殷仲堪管轄，并且對他特別下詔，好言相慰，希望以此求得和解，殷仲堪等人這才接受詔書。
御史中丞江績彈劾桓修受到楊佺期的慫恿，為了個人安全而向晉室傳達(dá)不當(dāng)?shù)挠嵪ⅲ钩⑹艿矫杀味扇×隋e誤的措施，于是朝廷下詔，免去了桓修的所有官銜。
