寫在前面
知道我的朋友，相信都有了解，元旦假期某晚凌晨，我突發起來，折騰了一個困擾我很久很久的問題，并解決了他。
2015年，TBtools 開發之前，我寫過一個 Blast3GO，主要用于 GO 注釋，富集分析以及可視化。Blast3GO 實現的這些功能，基本都是調用環境中的 R，于是存在四大問題：
- 依賴用戶環境中的 R語言，換句話說，要求用戶自己安裝 R
- 存在破壞用戶原有 R 語言環境的可能
- 無法實現絕對的版本控制，以至于無法保證用戶體驗
- 確實不穩定....
這些經歷，使得我在開發 TBtools 之后，追求絕對純粹的 Java 實現。于是 TBtools 得以獲得某種程度的 便攜，簡單，簡潔，高效。為了解決可視化問題，我自己從零實現了一個繪圖引擎，也就是大伙知道的 JIGplot，并一直堅持優化。所以，我一直不想去打包任何可以不打包的軟件，更希望自己實現。
然而，幾年過去了，我越來發現，每個人的時間，精力是絕對有限的。我可以自己寫很多功能，卻無法做到絕對的全面，比如轉錄組數據分析中的差異表達分析。我們幾乎可以下個結論，幾乎全部差異表達分析軟件，都是 R 包（盡管大伙還是知道有 gfold 的）。于是，我只有兩個選擇：
- 自己寫，這個不可能，也沒有意義，畢竟這個輪子造起來也不一定能得到認可，他不比可視化
- 打包 R，windows下很簡單，但是 macOS 呢？TBtools 至少有 10% 的用戶是 MacOS 用戶
我希望的是 TBtools 繼續保持他的跨平臺，所以所有功能都是至少支持 windows + MacOS。可以說，元旦假期，我所有抽得出來的時間，加上我在過去一兩年，嘗試失敗，再嘗試再失敗，還嘗試還失敗，繼續嘗試，繼續失敗的數次，得到的就是一個簡單的東西。TBtools 的新插件“Rserver”。
插曲 - 更新 TBtools 版本
11月底，去版納植物園做了一場 TBtools 培訓，培訓期間發現，TBtools 的插件安裝存在兩個優化的點：
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MacOS 的插件選擇界面，拖拽面板還是遮擋了文件選擇面板，這塊之前在邵揚的提醒和幫助下，原本是修復的，只是....代碼忘記啟動。改動前
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TBtools 插件分為兩類：小插件，無依賴，僅
.jar文件。對于小插件，除非用戶確實沒事做，回去解壓出來（盡管也沒啥用），否則都是順利安裝；大插件，有依賴，于是我一般打包成.zip文件，然而還是存在不少人習慣性解壓縮，最后導致插件沒有完整安裝。這不是好事。但可以理解，畢竟，任何人看到壓縮包（尤其是圖標對應上了）的第一反應是解壓縮。改動前，
針對這兩點，我做了優化。首先是 MacOS 的插件安裝面板代碼生效；
其次是進一步支持了難以被自動識別的文件后綴.plugin....這樣我相信就不會被解壓縮了...
Rserver 插件的安裝
目前這個插件已經釋放到所有 TBtools 使用交流群（1-7，Emmm，數了一下，又回復到之前的狀態，不過現在大伙都實名了，我相信應該好得多）。直接在群共享下載最新版本的 TBtools_JRE1.6.jar，這個 jar。更新到 TBtools v1.074。當然，如果你不更新，那就記得下載 Rserver.zip，反正主程序跟插件耦合程度極低。
OK，拿到這個插件。就可以安裝。首先打開 TBtools
找到插件安裝位置，點擊
Install Plugin
拖拽放置，或直接文本選擇摁鈕選擇之后，點擊打開，稍等一會即可（插件較大，大概180+Mb，Windows 和 MacOS 用戶通用一個插件！）。
插件的使用
Rserver 插件，我原本想做的只是一個差異表達分析插件，但從插件的體積來看，這樣并不合適。畢竟以后任何人愿意貢獻出 R語言 腳本的，都可以制備成 TBtools 插件并分發。于是，我調整計劃，直接將 Rserver 插件作為一個將會被其他所有 R腳本 插件所依賴的插件來開發。完美。這樣我只需要細調測試插件即可（注意到，盡管我們有1w+人的社群，但我只召集到不超過20個 MacOS 用戶幫忙測試；windows不用）。
使用插件非常簡單，首先是打開插件
設置一個輸出目錄，其他均不設置，這樣會啟動 Rserver 插件的測試腳本。
如此，點擊
Start之后，輸出目錄會生成一個Rplot.pdf文件。稍微知道 R 使用的人就會清楚。只要沒設置繪圖文件路徑，同時又在命令行運行，那么 R 會直接保存一個文件到 Rplot.pdf。打開這個文件，即可看到
當然，加入你填入了一段 R 腳本，比如
https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust
網頁上的這段代碼（邵揚提到的）...
輸出結果如下
當然，你可以檢測和安裝一個R包（比如大家都愛的
ggplot2）
于是你會得到
關于拓展
我們完全可以預見這個插件將會帶來的功能絕對拓展：
- 只要一個 TBtools 用戶能跑的 R碼，換另一個 TBtools 用戶，一樣能跑，因為平臺完全固定
- 對于 R腳本來說，絕大多數用戶進行修改的，往往只是輸入輸出文件，這點完全可以通過 TBtools 快速打一個 GUI 界面（）
- Rserver 插件也直接支持用戶原始的 R腳本代碼，換句話說，可以寫 R包依賴檢測與安裝，可以直接在代碼中設置輸入輸出文件或目錄.... 甚至可以.....
寫在后面
昨晚我陪吳老師看了一場電影。這是兩年來我們第一次能抽出時間看的一場完整的電影（盡管票價不低，35一張）。卡通電影還不錯，最近似乎有點火的，《心靈奇旅》。從我的角度來看，這部電影傳達一個理念或許就是：享受生活，活在當下。
當然，這并不太準確。我們討論了一會，多少讓我想起了我似乎從小學就開始在思考的問題。即，
活著，為了什么？當然史鐵生在《我與地壇》給出了一個不錯的答案死是一件不必急于求成的事。
這段時間一直在路上，或許人生就是在路上。
《心靈奇旅》一條主線，演繹了兩類人：
- 人生中只有目標
- 人生中毫無目標
當然，什么才是人生目標？就不劇透了，大伙感興趣的可以看看。
回到主題。
關于 TBtools 的開發，盡管我一直有源源不斷的新的開發想法，但如果說我馬上進入工作，無法在其上投入過多。那么我會留下的只有兩個遺憾：
- 我希望能提供一個可能，TBtools 用戶能夠在相互分享 TBtools 相關的內容，以前我想過是卡通熱圖，后來...總之一直想一直失敗，但現在，我想 Rserver 插件馬上會提供這個可能。
- 我寫過 EasyGUI 或 AutoGUI，這兩個實現和想法，我一直沒有放下，然而他們似乎并無用武之地 。但現在不會了，我相信很快，這些想法也會用上。
有時候，或許從技術層面來說，你學過的想過的每一個點，都可能不會是白費功夫。
