寫在前面
最近我主要在忙兩個事情：
- 了結學校里相關的一些事情，也整理下手上的資料和文件
- 看看是否有合適的工作
寫了一段關于找工作的感悟，不過還是刪了，哈哈。多數無益，回到主題。
整理資料時，突然想起，前前后后我鼓搗了十來個 TBtools 插件，似乎有必要整了一個插件列表。
一號插件 - Pubmed Summary
Pubmed Summary 的優勢在于“輔助文獻速度”。基于用戶輸入的關鍵詞，爬取對應Pubmed檢索結果，并附加影響因子，以及摘要等信息。用戶可以快速閱讀題目和摘要，了解文章詳細，在大規模閱讀后，篩選出合適的文章，再行精讀。具體可見推文鏈接
https://mp.weixin.qq.com/s/KTB0qSM-lGxZeCRBPWBYzQ
二號插件 Batch SMART
SMART 應是最為全面可靠的序列結構域分析網站。對于單個序列，可以快速完成分析。但對于多個序列，該數據庫只支持數據庫中已收錄的序列信息。在絕大多數情況下，用戶需要編寫爬蟲腳本，逐個提交，預測并獲得結果。
Batch SMART 解決這個需求缺口，任何用戶只需要在 TBtools 中提交序列，軟件會自動提交獲取，并整理結合以及可視化
https://mp.weixin.qq.com/s/kP6AKtXUqlnsdhBYh4aX6w
三號插件 - Batch Motifs Viz
這個插件比較有趣。能做的事情只有一件，那么就是基于MEME輸出的XML文件，一次可視化所有 Motifs 的 SeqLogo。這款插件并未完全對外開放，是 TBtools 的第一個眾籌插件。具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/JPSXyDzs9D4YjUgGh7UBhw
四號插件 - SRAtoFastq
SRAtoFastq，正如其名，只有一個作用，即 將 sra 格式文件轉換為 fastq 格式。存在大量公開測序數據僅有 sra 格式文件可供下載。用戶使用這一插件，即可完成格式轉換。作為 TBtools RNAseq 系列插件的第一個，感興趣的人還是有不少的。當然，RNAseq 系列插件只針對 Windows 和 MacOS 用戶開放。這一系列插件，均為眾籌插件，暫時未有對外開放的打算。感興趣的見推文
https://mp.weixin.qq.com/s/WC6Q1wr2M4CsdVZ2XYFjRA
五號插件 - Fastq2Fasta
Fastq2Fasta，看名字就知道他只能做一個事情，將 Fastq 格式的序列文件，轉換為 Fasta 格式的序列文件。這個插件比較有趣。來自于半小時直播時，有用戶提起多次。作為回應，我順手寫了，同時完全對外釋放。具體可見
https://mp.weixin.qq.com/s/iuOaOo5Wp1JXA8HkJ1SP5A
六號插件 - FastQC
FastQC 是一款被廣泛使用的測序數據質量查看軟件，軟件本身知道界面版。但我還是選擇將其打包成這個插件。主要原因是....方便。當然，另外還有其他一些盡量完善以避免出問題的情況。有時候一些軟件雖然是Java軟件，但不一定是有完善的跨平臺實現。這一插件屬于眾籌插件。
具體可見
https://mp.weixin.qq.com/s/Sz9enr_8s9P0goxEObn4TA
七號插件 - Trimmomatics
質量控制是高通量測序數據分析不可缺少的部分。質控軟件有很多，我自己也實現了一些，包括RNAseq和small RNAseq的。權衡之下，我沒有選擇二進制文件，而選擇打包 Trimmomatics，主要原因在于....都是 Java 實現，套起來方便。當然，與FastQC插件類似，我也做了一些優化，使之能夠更好的跨平臺。RNAseq系列插件之一，所以仍然是眾籌插件。
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/Gmazcogi2KBNkv7J4hXh9Q
七號插件 - Ascp GUI Wrapper
提起這個插件，還是有趣。原本我是打算寫轉錄本定量插件的，然而突然發現找不到測序數據。原本是想著FTP下載的，無奈速度似乎不太行。這種情況下，Aspera是完美解決辦法。然而，最麻煩的還是在于軟件安裝與環境配置。想來想去，現在不干，以后又要折騰。干脆寫一個。
于是，這是一個完全開放的插件，用戶只需要安裝插件，即可高效且快速下載測序數據。
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/YYneVPb3V6Dq5WXiq2JYTQ
八號插件 - Newick Rename
常常有這種情況，用戶會拿著一堆序列，構建一個進化樹。花了時間，拿到了樹文本，使用的時候才發現序列的 ID 不是自己想要的樣式。于是最好的方法是...進行重命名。同樣，這個需求來自半小時直播。我順手就實現了，又是一眾籌插件
https://mp.weixin.qq.com/s/yQCyVIheiJDxqnZ2R3ByEw
九號插件 - The BEST Gift
啊，這是 TBtools 第一個游戲插件，在具有情人節屬性的節日里，送給單身朋友最好的禮物，完全開放，隨時可用
具體見
https://mp.weixin.qq.com/s/sHvoRmEmwR8Tu23XwVFRIQ
十號插件 - Kallisto GUI Wrapper
這個插件是 TBtools RNAseq 系列插件的終結插件。打包了 kallisto，用戶可以高效地，批量地，基于 Fastq 測序數據，獲取 基因表達矩陣 和 讀段計數矩陣。最大的優勢或許是，自動整合結果 - 總的來說，不能太方便！！！
https://mp.weixin.qq.com/s/zhYjsF-LiPzPetbVh7bfcA
寫在最后
Emmmm，我自認為每一個插件都融合了我個人的思考。事實上解決了一些問題。尤其是 RNAseq 系列插件，目前主要是眾籌朋友的使用階段（不到30人）。我自己在筆記本上兩天，分析了100+個轉錄組測序樣品，感覺很爽。
....
推文寫完了，突然還是回到現實，總的來說，我覺得最好找工作狀態應該是：
- 至少一年以上海外經歷，最好有海外學歷
- 博后經歷，基本相當于講師經歷
綜合結果，或許難道可能即使是目前這樣的環境，那么出國也是必要項？有趣。
