插件 | 人人-點點點-光速下載 NCBI/ENA NGS原始數(shù)據(jù)

今天有趣,看到兩個微信群討論到 Mol Plant 網(wǎng)站上 TBtools 的文稿是Most Read,亦即期刊主頁上去看 TBtools 文稿的人相對較多。


基于期刊網(wǎng)站數(shù)據(jù),TBtools 正式文稿發(fā)表后,目前被引 28 次。

不過事實上,TBtools 2020年元旦至今引用應是超過 500【已然實現(xiàn)了之前的Typo,那會計算錯了,以為日均2個Citations,不過現(xiàn)在已經(jīng)是事實】。平均到 8 個月,那么每個月也要有 60+ 個引用。換句說,保守起見,TBtools 正式文稿發(fā)表至今,多少也要有 100+ 個引用才正常。

然而,現(xiàn)在兩個月只有 28 個,說明,其實很多人依舊不知道 TBtools 已經(jīng)發(fā)表了。我嘗試在 google scholar 檢索,確實檢索不到 MP 文稿。不時還是有人會在 用戶交流群 或者是 公眾號 上問題引用文件。于是,這里繼續(xù)放出一個鏈接,希望大家如果使用 TBtools 并方便引用時, 直接引用 MP 文稿,跳轉以下鏈接即可:

https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(20)30187-8

回到主題。

寫在前面

最近學位論文七七八八,于是我也可以拿出撰寫過程中產(chǎn)生的一些想法,逐一驗證(換句話說,先保證畢業(yè),新的想法看情況再說)。既然要驗證,就需要分析一些數(shù)據(jù) 更或者說 下載一些公開可獲取的測序數(shù)據(jù)。要快速下載這些數(shù)據(jù),其實比較麻煩:

  1. Aspera 是最優(yōu)選擇
  2. 在審計服務器下的主機用不了,意味著 SCAU 校園機房的服務器用不了,所以只能本地下
  3. 本地最好是用 Linux,那么要配置環(huán)境,Sad!
  4. 本地 Windows 或者 Mac 也可以,但是一樣,環(huán)境又得搞,麻煩
  5. 最后,還要輸入命令!....麻煩啊

知道我的人都很清楚,我是一個正經(jīng)的懶人。于是我決定必須打包起來,這樣所以 TBtools 用戶,包括我,就可以光速下載測序數(shù)據(jù),而不用浪費時間去折騰。
于是,Ascp GUI Wrapper - 插件小九?就產(chǎn)生了。

獲取與安裝插件

首先,這個插件只支持 Windows 和 MacOS 用戶(因為 TBtools 的Linux 操作平臺用戶不超過 10 個,所以我是不會管他們的)。獲取插件的方式很簡單,直接加到任一 TBtools 用戶交流群(最新QQ群號:1009773095) ,在群共享下載即可。
Ascp GUI Wrapper 是一個 Wrapper,所以是一個打包插件,文件格式為 .zip。


安裝插件時,打開 TBtools,點擊插件安裝菜單,


隨后,拖拽放置 .zip 文件



點擊打開,即可安裝完成


使用插件

打開 TBtools,并跳轉到插件菜單


即可看到界面


image.png

按 Note 中的鏈接要求準備鏈接,存儲在文件中,或者直接 黏貼進去。設置輸出目錄,點擊 Start,然后等著就是了。
如果你想知道進度,那么 About 菜單下,找到 Debug Log,打開看看就是了。

恩,一切過分簡單

如何獲得鏈接

最好的獲得方式,其實還是 TBtools。具體請參考兩篇推文:
挖掘SRA的輔助小工具(NCBI高通量測序數(shù)據(jù)收錄庫)
https://mp.weixin.qq.com/s/amsG4dEYwXU-DyRVvI9d7A
以及
公開可獲取~沒有下載不到的測序原始數(shù)據(jù)!
https://mp.weixin.qq.com/s/CS04e0QRjq0B-NZUfCpUAg
現(xiàn)在這兩個功能,都已經(jīng)優(yōu)化,自動輸出 Aspera 的鏈接。當然了,你得更新 TBtools 到目前最新版 v1.0532 或者更新的版本。

寫在最后

人是懶人~ 但還是要做點省時省事的。
大伙用了 TBtools,忘了或者不方便引用沒關系,記得多推廣,越多人用的工具,只會變得越穩(wěn)健,已經(jīng)功能豐富和強大。
但如果你方便在論文中引用,請還是引用 Mol Plant 文稿,點擊閱讀文本,跳轉期刊文稿頁面(似乎...變成開放獲取的,印象我們沒選開放獲取....)
總之,祝大伙科研順利了。

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