@JosieC 都是 RNA assay，但是可能是不同的 slot
單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現2020年發表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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R可視化之ComplexHeatmap【三】：拆分
特別聲明：本部分（系列）內容均來自顧祖光博士對ComplexHeatmap的介紹，僅為學習交流，尊重原創。 熱圖系列我們已經有： R可視化之ComplexHeatmap【一】...
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PyTorch 模型性能分析和優化 - 第 2 部分動動發財的小手，點個贊吧！ 這是有關分析和優化在 GPU 上運行的 PyTorch 模型主題的系列文章的第二部分。在第一篇文章中，我們演示了使用 PyTorch Profil...
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撥云見日——數據降維與可視化生物本身就是一個復雜的體系，我們必須使用多維數據來對之進行準確描述，而這一點在生物信息學領域體現的尤為突出，以經典的轉錄組數據為例： bulk RNA-seq作為一種經典的基...
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可視化系列【六】：跟著Nature?Communications學畫圖：棒棒糖圖不積跬步，無以至千里 本期我們嘗試復現2023年7月7日發表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
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可視化系列【五】：用ggplot2實現氣泡圖繪制遇到有人問，如何使用ggplot2繪制這樣的氣泡圖： 于是找了個nature communications中的數據來嘗試進行繪制，但具體是哪篇文章我可能已經無法溯源了，不過好...
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@FangRan RNA assay 的 data slot
單細胞數據整合分析——批次效應（batch effect）去除
在單細胞分析當中，經常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數據之間的批次效應（batch effect），那么什么是批次效應呢？簡而言之，批次效應就是由于不同時間、不同實驗人員...
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將python程序打包成exe的pyinstaller
將python程序打包成exe 打包成exe需要安裝第三方庫：pip install pyinstaller安裝完成，cmd中輸入pyinstaller回車查看是否安裝成功；...
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數據矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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@f2558914b1f3 哪一張
一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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如何反轉ggplot2中的圖例鍵順序動動發財的小手，點個贊吧！ 在本教程[https://datavizpyr.com/reverse-legend-key-order-in-ggplot2/]中，我們將學習如...
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@2d99ad195479 應該不會有問題，只是取了子集而已，再查一下代碼
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析
本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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@2d99ad195479 看看其他工具，celltalker cellphonedb
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析
本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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@2d99ad195479 我記得新版本還有斑馬魚，應該只能做這三個物種，因為他們手動搜集的數據庫只包含這三個物種
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析
本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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STAR 沒有這個參數，比對的時候無關庫的類型哈
一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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有沒有辦法向工信部舉報啊
看簡書變化——簡書廣告
歡迎大家閱讀新一期的《看簡書變化——簡書廣告》，雖然每天寫的文章除了自己，也沒什么人看，但也堅持寫下去，算是培養自己的習慣吧！記錄生活嘛！好的，廢話不多說，今天我們來聊一聊簡...