@Bio_Infor 好的 謝謝啦 我還想問問如果subset的地方選擇的是KEGG 后面的流程是一樣的嗎 我發現如果是kegg 后面直接那么跑一直報錯
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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@Bio_Infor 好吧 謝謝了 我的是其他物種 看來不能做了
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析
本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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請問只有人和小鼠可以用cellchat來做細胞通訊分析嗎
細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析
本期內容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發生相互作用...
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請問只有人和小鼠可以用cellchat來做細胞通訊分析嗎
使用cellchat進行細胞間通訊分析
安裝R包 如果安裝不成功，可能是1.You might need to manually intall the dependencies ComplexHeatmap usi...
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為什么要找到雙細胞以后再做findmarker？我看教程好像只是找到雙細胞了 但是并沒有去除雙細胞 那為什么還要找到雙細胞以后再做findmarker呢
scRNAseq雙細胞去除-1: DoubletFinder
10x平臺的雙細胞率（符合泊松分布1）： 根據Poisson分布，單個液滴包含超過一個細胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機細胞的濃度而改變。通常如果上...
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請問已知的lncRNA是怎么鑒定得到的
lncRNA分析
處理原始數據文件 rawdata質控 統計cleandatabase 建立索引 hisat2比對 排序 統計比對率 stringTie組裝 合并轉錄本 定量 ballgrow...
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請問已知的lncRNA應該如何鑒定呢？
【轉錄組學】LncRNA鑒定思路與軟件比較分析
1.非編碼RNA簡介 非編碼RNA是一類被認為不具備編碼能力RNA，目前已知的已經有十多種，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干擾RNA、miRNA(18-24...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【一】 到此時，原始...
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lncRNA不是非編碼RNA嗎 UTR序列怎么得到呢？ensemble里沒有我想研究的物種信息
如何用targetScan miRanda RNAhybrid預測lncRNA和circRNA的靶向miRNA
targetScan 需要準備兩個文件，一個miRNA序列種子文件和lncRNA UTR序列文件。文件格式如下： 腳本可從targetScan[http://www.targ...
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請問 我運行miRDeep2.pl test_collapsed.fa genome test.arf none none none 2>>report.log 沒有得到有count的結果文件 是在哪個文件里呢 我沒有得到expression analysis這個文件夾
使用mirDeep2進行miRNA-seq數據分析
軟件安裝 首先從GitHub上下載最新的miRDeep2 使用install.pl腳本進行安裝 會有如下的提示信息 可以按照他的要求，直接使用source ~/.bashrc...
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請問 我運行miRDeep2.pl test_collapsed.fa genome test.arf none none none 2>>report.log 沒有得到有count的結果文件 是在哪個文件里呢 我沒有得到expression analysis這個文件夾
miRNA分析-比對（二）
本文簡單闡述miRNA分析中，如何對其數據進行比對 早先簡單介紹如何對miRNA數據進行過濾miRNA分析--數據過濾（一）[http://www.lxweimin.com/...
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您好 請問miRDeep2.pl reads_collapsed.fa cel_cluster.fa reads_collapsed_vs_genome.arf none none none 2 > report.log 我運行了一下 得不到expression_analysis的文件夾 是我弄得不對嗎
miRDeep2學習筆記
本文轉自 http://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3593679.html 一、mirDeep2安裝 下載和解壓 wget ht...
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@6885763965c0 好像沒問題這個比對率
featurecounts的使用說明
官網：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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想問一下我用feature定量的比對率才有50% 但是我的轉錄組比對到基因組上的比對率有97% 那我的feature定量是不是有點問題呀
featurecounts的使用說明
官網：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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請問這個比對不應該是分別比對到內含子和外顯子上然后去除嗎
miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【二】
該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【一】 到此時，原始...
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您好 請問一下gihub上的腳本適用的是提取基因組上所有的內含子和外顯子序列嗎 我的按照這個腳本不知道為什么得到的只有x染色體上的內含子和外顯子序列
如何提取一個基因組中所有intron
最近有個任務需要從基因組中提取所有的內含子（intron）區域。一開始覺得很簡單，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一頓猛點應該就可...
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您好我用了在gihub中發布的那個腳本 報錯信息為SyntaxError: invalid syntax
File "/hanruobing/transcript/exon-2/shishi/extractExon_and_Intron_from_gtf.py", line 157
print "Done!"
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SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("Done!")? 請問該怎么解決呀如何提取一個基因組中所有intron
最近有個任務需要從基因組中提取所有的內含子（intron）區域。一開始覺得很簡單，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一頓猛點應該就可...
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@就是大餅 謝謝您
KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安裝與使用（搭配ParaAT）
1 介紹 參考文獻：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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您好 我想問一下我再kaks和para一起使用的時候 從文件里提取除了同源基因對的cds和pep文件 但是axt和kaks文件卻是空的 打開nohup看報錯信息 開始寫的是都ok 但是往下翻寫的是sh: Epal2nal.pl找不到 我已經把他的路徑加到了環境變量里 我想問這可能是因為什么原因呢
KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安裝與使用（搭配ParaAT）
1 介紹 參考文獻：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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您好 我想問一下為什么我執行這一步的時候
so <- sleuth_prep(s2c,extra_bootstrap_summary = TRUE)
會顯示如下的報錯信息呀
reading in kallisto results
dropping unused factor levels
......
Error in if (any(counts_test$total == 0)) { :
需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少值RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進行相關的分析。 RNA-seq在完成轉錄本的鑒定及定量后，我們經常做的分析之一就是差異...