1.利用phylosuite軟件根據(jù)NCBI號(hào)提取genbank格式的序列文件
file--input file...or ID(s) ---在input by IDs 處粘貼NCBI號(hào)--start
提取
2.根據(jù)GB文件提取葉綠體基因組中的基因
file -- Extract G...Bank file--選擇choroplast--start
提取
結(jié)果會(huì)出現(xiàn)一些比如gene1和gene1_copy2等，需要手動(dòng)刪除，最后因該是79個(gè)PCGs基因。
3.mafft比對(duì)
Algnment--選擇Codon和PCGs--11套密碼子表--start
比對(duì)
4.利用trimal裁剪一下
Alignment---trimAL--start
序列修剪
5.串連序列
Alignment--concatenate Sequence--satart
串聯(lián)
串聯(lián)序列
完成之后隨便打開一個(gè)結(jié)果看一看串連的結(jié)果.
6.選擇模型
Phylogeny--PartitionFinder--command line options(如果要用raxml方法的話)--raxml--greedy（快）--start
模型選擇
7.利用iqtree構(gòu)建Ml樹
iqtree
8.利用figtree查看tree文件
結(jié)果
