看代碼這是將空值直接寫為0值？這樣會不會直接了？為何不用填補缺失值的方法進行填缺？
IP屬地：德克薩斯州
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更新R和R包
三個月前R 4.0版本就已經(jīng)正式上線了，之前怕麻煩就一直沒更新，而現(xiàn)在由于要用到新版本的R包，才想起順便一起更新了R。 目前在官網(wǎng)上的最新版R是2020-06-22的4.0....
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TCGA FPKM 轉(zhuǎn)化為 TPM
FPKM 一般來說不太好用，轉(zhuǎn)為TPM進行后續(xù)的分析比較合適。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實現(xiàn)： 參考： RNA-Seq的Counts和FPKM數(shù)據(jù)如何轉(zhuǎn)換成TPM？[ht...
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用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介紹：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相應(yīng)的軟件，其實clusterProfiler除了做go term 富集...
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@小啵_3cbf 沒有噢，自己嘗試吧
將ICGC的基因表達數(shù)據(jù)處理成表達矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標準化過的...
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@歸鶴鳴 甲基化的數(shù)據(jù)我沒有太關(guān)注，你可以自己適當修改代碼
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學習筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學習一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
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用melt啊，具體用法摸索一下就知道了，挺簡單的
將ICGC的基因表達數(shù)據(jù)處理成表達矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標準化過的...
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@caumine 學習了????
Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因為以前的分析流程要在Shell 和 R 之間切換，然后可控性還差，有點煩，正好最近有點數(shù)據(jù)要分析，干脆就重新建立一個 all in one 的流程，方便以后使用。 運...
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@qiuqiu0816 Rstudio
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學習筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學習一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
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Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因為以前的分析流程要在Shell 和 R 之間切換，然后可控性還差，有點煩，正好最近有點數(shù)據(jù)要分析，干脆就重新建立一個 all in one 的流程，方便以后使用。 運...
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「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實現(xiàn)了導(dǎo)出gene2module 目的 最近有個項目又準備跑WGCNA，之前跑通過一個，然后很久沒碰，...
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是的
用隨機森林算法進一步篩選差異表達基因
前言 很多時候，我們分析完差異表達基因后，發(fā)現(xiàn)會得到一大堆差異基因，常見的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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@研平方 我的解決方式就是取交集，其他舍棄
將ICGC的基因表達數(shù)據(jù)處理成表達矩陣（perl）
小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析，于是寫個小的perl處理了一下，能夠分別輸出標準化過的...
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是網(wǎng)絡(luò)問題吧。。
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學習筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學習一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
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試一下添加參數(shù)summarizedexpriment = F
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學習筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學習一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...
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@浮云O_o 看來是bug fixed 了
用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學習筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)，心里總覺得怪怪的，于是下定決心重新學習一個好用的包——TCGAbiolinks。這個包調(diào)用GDC的API，應(yīng)該是最...