我的數據沒有start和end,只有一個位點,應該怎么轉換呢?
LINUX | liftOver:基因組坐標轉換hg38到hg191 準備bed文件(R) 2 下載坐標轉換對應文件,hg38TOhg19 3 下載轉換工具 4 進行轉換 5 查看結果
我的數據沒有start和end,只有一個位點,應該怎么轉換呢?
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《KEGG信號通路數據庫使用》應該在哪里找啊?想知道詳細的KEGG Mapper的用法。蟹蟹
解螺旋《KEGG信號通路數據庫使用教程》學習筆記KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因與基因組百科全書 特點: 綜合數據庫,建立了跨物種聯系。 基于可計算的形式捕...
最近學習畫單細胞的擬時序軌跡圖,有一些收獲。大家經常使用的一般是monocle,DPT等;RNA velocity是一個比較復雜的方法,它通過細胞轉錄時細胞內成熟mRNA和m...
我們日常在ggplot繪圖時,使用的都是 最近新發現了一個顏色版;可以通過 ggthemes的命令 scale_color_tableau()獲得: 感覺挺好看的,默認的是"...
高通量: 10X(3′ or 5′ scRNA-seq methods ) 特點:只有部分基因體覆蓋較低的細胞覆蓋深度 低通量: SMART-seq2 特點:較低的細胞通量(...
最近剛好用到韋恩圖,但是由于term比較多,VennDiagram的可視化效果并不好。然后再一個帖子里看到了UpSetR和Y叔的改進版本upsetplot。 UpSetR 一...
三陰性乳腺癌是乳腺癌的一種亞型,其特征是缺乏雌激素受體(ER:estrogen receptor)、孕激素受體(PR:progesterone receptor)和HER2擴增。
還不太完善,有時間會慢慢補充。有問題的可以提問,一起研究。
功能注釋富集分析工具總結最近用來做功能注釋的方法非常多,走過多個坑之后,對功能注釋做一個總結。 我們常用的功能注釋也就是GO,KEGG,和Reactom,MSigDB數據庫都有提供其gmt文件,對于...