KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因與基因組百科全書
特點(diǎn)：
- 綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，建立了跨物種聯(lián)系。
- 基于可計(jì)算的形式捕捉和實(shí)驗(yàn)證據(jù)，形成生物系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)模擬。
- 信號(hào)通路和分子間關(guān)系可視化。
用途：
- 16個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)，最常用Pathway（下圖）
-
與其他數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接如ENSEMBL等。
KEGG Databases.jpg
初探示例：
- Disease數(shù)據(jù)庫(kù)檢索glioma。信息檢索的精髓是關(guān)鍵詞搜索和藍(lán)色超鏈接。
- 檢索基因pten，需輸入物種標(biāo)識(shí)符，檢索框中輸入hsa:pten
KEGG Pathway
- map：原始手工圖
- ko：鏈接至帶有ko編號(hào)的基因
- ec：鏈接至酶
- rn：鏈接至反應(yīng)
-
org：物種特異通路圖，沒有填充綠色的框說明該物種中無此基因。
圖片.png
KEGG Mapper
如果需要查看多個(gè)基因共同參與的信號(hào)通路，就要應(yīng)用KEGG Mapper。例如通過芯片、測(cè)序、IP-質(zhì)譜等獲得了參與調(diào)控的一組分子，希望分析它們參與的信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)。
步驟：
KEGG首頁(yè)，Analysis tools - KEGG Mapper --> Search & Color Pathway --> 填寫參數(shù)
更多精彩詳見PDF《KEGG信號(hào)通路數(shù)據(jù)庫(kù)使用》
