好多同學詢問孟德爾隨機化的問題，我再來嘗試著梳理一遍，希望對大家有所幫助，首先看下圖1分鐘，盯著看將下圖印在腦海中： [圖片上傳失敗...(image-9bf17c-1668...
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R數據分析：孟德爾隨機化實操
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除了GWAS Catalog，還可以用CAUSALdb數據庫做GWAS要查詢以往的 GWAS 研究結果，可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多，不過有時可能滿足不了需要。介紹一個叫 CAUSALdb 的數...
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R數據分析：工具變量回歸與孟德爾隨機化，實例解析
原諒我又拖更好久，沒辦法，欸，就是懶，但是所有的單子都是保質保量完成的哈。，今天給大家寫工具變量和孟德爾隨機化，文章略微有些長，請大家準備好清醒的頭腦，和半個小時的閱讀時間哈...
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孟德爾隨機化(Mendelian Randomization) 統計功效（power）和樣本量計算1 統計功效（power）概念 統計功效（power）指的是在原假設為假的情況下，接受備擇假設的概率。 用通俗的話說就是，P<0.05時，結果顯著（接受備擇假設）; 在此結論...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德爾隨機化孟德爾隨機化推斷暴露因素與健康結局的因果關系[http://www.lxweimin.com/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數據選取合適...
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參考文獻排版，這幾點非常重要！之前和大家多次聊過參考文獻的排版。?? Zotero | 有了Zotero，參考文獻排版不再煩惱！ 定制版GB/T 7714來了，究竟有多好用？| Zotero 今天繼續介紹...
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熱圖 | 轉錄組樣品表達量相關系數矩陣寫在前面 很多時候，我們做完轉錄組，會想著看看樣品與樣品之間的表達相關性如何？依此，可以看看是否存在異常樣品，也或許可以找到一些生物學相關問題。常常，我會使用 R 語言的 C...
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基于R語言繪制Network幾種方式平時對于網絡圖的繪制，一般我們都會在R中生成邊和點列表后導入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當中，而R語言中也自帶有不少優秀的包也可精美的可視化我們的數據，所...
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GOplot | 更美觀的富集分析可視化GOplot | 更美觀的富集分析可視化 數據準備 GOplot使用了zscore概念，但其并不是指Z-score標準化，而是指每個GO term下上調(logFC>0)基因...
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基于short reads的結構變異鑒定工具的綜合評價本文的部分內容來源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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69種軟件檢測WGS結構變異SV的算法評估前言 最近在研究低深度WGS數據檢測SV變異，測試了很多個軟件，一直沒有一個準確的結論。周一很巧地發現了這篇文章，作者收集了市面上幾乎所有的SV檢測工具，用真實數據和模擬數據...
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每周文獻 2021-11-21大家好，本周給大家分享的是近日發表在PNAS上關于與螞蟻群體性別比例和社會結構相關的連鎖超極基因的一篇文章。 文章題目：Linked supergenes underlie ...
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GWAS分析 (一)接觸全基因組關聯分析（GWAS）已經一年半有余，從剛開始對GWAS的全然無知到現在慢慢了解，越來越能體會到這項技術的了不起。同時，越來越多的科研工作者也在使用這項技術，然后就...
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插件 | Website Awesome 收錄有趣的科研的常用的網站~寫在前面 今天是周二，吃完午飯回到電腦前，想著看個動漫休閑一下。But，我還是忘了網址到底是啥？對于一個沒有做網頁收藏夾的人來說，確實是麻煩。類似的場景常常發生在： 下載文獻...
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擴增子分析軟件QIIME2 必知必會擴增子一站式分析平臺QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接檔QIIME1 極簡操作 QIIME2是微生物組分析流程QIIME的全新版,采用P...
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我的掙扎 與 TBtools 的開發到底還是寫了一篇推文，卻著實想不到一個合適的題目。可能這是我寫過最長的一篇推文，約莫萬字。這篇推文的主要內容應該包括： TBtools 開發為了什么？ TBtools 是怎么...
