@起個(gè)名字88 網(wǎng)絡(luò)問題啊
如何構(gòu)建kraken2個(gè)性化數(shù)據(jù)庫kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對(duì)宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
IP屬地：廣東
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回歸分析中，如何回歸掉（regress out）一個(gè)變量對(duì)另一個(gè)變量的影響在大尺度微生物生物地理學(xué)分析中，經(jīng)常遇到環(huán)境因子和地理距離能一定的相關(guān)性，經(jīng)過VPA分析發(fā)現(xiàn)二者有重疊的解釋部分。那么，如何完全排除掉環(huán)境因子的影響，單獨(dú)研究地理距離對(duì)群落結(jié)...
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singlem,一款可以使用marker基因進(jìn)行宏基因組reads分類的軟件
最近偶然從一篇PNAs的文章，看到作者不僅進(jìn)行了16S rRNA測(cè)序，而且通過marker基因和宏基因組bins同時(shí)計(jì)算了群落結(jié)構(gòu)，對(duì)比三者發(fā)現(xiàn)，菌群結(jié)構(gòu)相似。 看了一下ma...
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@小王的事業(yè)粉 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/ 就在這里面
如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細(xì)的信息，添加種屬信息很簡(jiǎn)單，只要結(jié)果里生成XML格式，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...
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我可以啊，你如果不行就先提取序列再建庫
如何從NT/NR數(shù)據(jù)庫中提取子庫
最近做有關(guān)小鼠腸道微生物宏基因組，遇到兩個(gè)問題，一是數(shù)據(jù)量太大，二是宿主污染嚴(yán)重。 估計(jì)宿主污染至少80%左右，因而就想通過一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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很明顯，是網(wǎng)絡(luò)斷開了。多試幾次吧
如何構(gòu)建kraken2個(gè)性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對(duì)宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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@飛腸的世界 還是構(gòu)建庫的時(shí)候有問題吧
如何構(gòu)建kraken2個(gè)性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對(duì)宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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WGS是whole genome sequence的accession number，不一樣的，你可以了解一下
如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細(xì)的信息，添加種屬信息很簡(jiǎn)單，只要結(jié)果里生成XML格式，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...
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這個(gè)問題跟注釋掉圖片中的“die”那一行沒關(guān)系。是perl 變量的事，不過應(yīng)該問題不大。
如何構(gòu)建kraken2個(gè)性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對(duì)宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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如何在linux下安裝R包
之前一直在linux下用perl和python居多，對(duì)R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里的R。恰巧上兩個(gè)星期遇到了li...
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主要關(guān)注于脊椎動(dòng)物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡(jiǎn)書原賬號(hào)：WhyDoWeAge
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使用table2itol生成itol美化文件首先下載安裝table2itol，可以在itol官網(wǎng)help的頁面中搜索table2itol跳轉(zhuǎn)至github下載。 github上有詳細(xì)的下載安裝教程，推薦在linux中使...
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如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細(xì)的信息，添加種屬信息很簡(jiǎn)單，只要結(jié)果里生成XML格式，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...
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避免和conda環(huán)境變量沖突---linux下環(huán)境變量的設(shè)置方法
最近用conda創(chuàng)建了一個(gè)新的環(huán)境，conda activate進(jìn)入新環(huán)境后，查看perl和python時(shí)還是發(fā)現(xiàn)： /usr/bin/perl/usr/bin/python...
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在linux vim編輯器中編寫python腳本
原來生信處理一直用perl，之前雖然也寫過python，但是linux下縮進(jìn)4個(gè)空格實(shí)在有點(diǎn)煩 最近又想重新拾取python，就編輯了一下vimrc，利用tab鍵解決縮進(jìn)問題...
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如何便捷的安裝perl模塊
雖然perl面向?qū)ο竽芰ζ酰襭erl6一直為人詬病，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個(gè)問題，有時(shí)候就會(huì)報(bào)錯(cuò)，“缺少XX模塊” 也不得不...
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利用好conda構(gòu)建環(huán)境，處理不同版本軟件的沖突
一臺(tái)服務(wù)器，如果安裝的軟件多了，難免會(huì)各種沖突，好在docker和conda都可以解決這個(gè)問題 docker運(yùn)行麻煩一點(diǎn)，還是優(yōu)先從conda入手 conda list # ...
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如何構(gòu)建kraken2個(gè)性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對(duì)宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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如何從NT/NR數(shù)據(jù)庫中提取子庫最近做有關(guān)小鼠腸道微生物宏基因組，遇到兩個(gè)問題，一是數(shù)據(jù)量太大，二是宿主污染嚴(yán)重。 估計(jì)宿主污染至少80%左右，因而就想通過一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...
