在大尺度微生物生物地理學分析中，經常遇到環境因子和地理距離能一定的相關性，經過VPA分析發現二者有重疊的解釋部分。那么，如何完全排除掉環境因子的影響，單獨研究地理距離對群落結...
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回歸分析中，如何回歸掉（regress out）一個變量對另一個變量的影響 -
如何在linux下安裝R包
之前一直在linux下用perl和python居多，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環境里的R。恰巧上兩個星期遇到了li...
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避免和conda環境變量沖突---linux下環境變量的設置方法
最近用conda創建了一個新的環境，conda activate進入新環境后，查看perl和python時還是發現： /usr/bin/perl/usr/bin/python...
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利用好conda構建環境，處理不同版本軟件的沖突
一臺服務器，如果安裝的軟件多了，難免會各種沖突，好在docker和conda都可以解決這個問題 docker運行麻煩一點，還是優先從conda入手 conda list # ...
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如何便捷的安裝perl模塊
雖然perl面向對象能力偏弱，且perl6一直為人詬病，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個問題，有時候就會報錯，“缺少XX模塊” 也不得不...
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如何從NT/NR數據庫中提取子庫最近做有關小鼠腸道微生物宏基因組，遇到兩個問題，一是數據量太大，二是宿主污染嚴重。 估計宿主污染至少80%左右，因而就想通過一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...
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如何構建kraken2個性化數據庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現在有了nt數據庫下面animal的序列，那么如何構建kraken2的數據庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...