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    VCF格式

    劉小澤寫于18.7.17所有的數據,一旦要找變異位點信息,就離不開VCF。豆豆也是在寫一個重測序的操作流程,遇到了VCF文本,之前也是沒有了解過,這次再多學一個格式官方最新說...

  • GATK4 多個樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport

    我們知道,GATK 4 多個樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件:1)a sin...

  • NGS數據下載

    本來想重復冷泉港Lippman 2017年在Cell上的一篇文章:Bypassing Negative Epistasis on Yield in Tomato Impose...

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    3. SNP Calling

    以GATK流程為例,簡單來說,SNP Calling主要包括以下幾步: 1. 給參考基因組建立索引:samtools faidx、bwa index, gatk Create...

  • 如何成為有效學習的高手

    最近在得到聽了這篇文章,感覺比較有用,會隨聽隨更新。 Day 1:高效學習的定義。 高效學習,即找到最適合自己的學習手法,在相對短的時間內集中注意力,以解決一個工作和生活當中...

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    2. BSA的原理

    BSA(Bulked Segregant Analysis),集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個特點:1. 混池2. 性狀分離所以,BSA可以稱之為分析有性狀分離的群體分...

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    1. 熱身(案例及實驗設計)

    什么是BSA-seq BSA(Bulked Sergeant Analysis),即分離體分組混合分析法,也稱為集群分離分析法或混合分組分析法,是從近等基因系分析法演變而來的...

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