什么是BSA-seq

• BSA（Bulked Sergeant Analysis），即分離體分組混合分析法，也稱為集群分離分析法或混合分組分析法，是從近等基因系分析法演變而來的。近等基因系（NIL）指一組遺傳背景相同或相近，只在個別染色體區段上存在差異的株系。BSA法克服了許多作物沒有或難以創建NIL的限制，其原理是從一個分離群體中選擇目標性狀表型極端的10～20個單株，混合構建2個DNA“池”，這兩個池應在感興趣的性狀方面存在差異，除了感興趣基因所在的位點外，所有的位點均隨機化。換句話說，兩個DNA池間的差異相當于兩近等基因系基因組之間的差異，僅在目標區域不同，而整個遺傳背景是相同的。對兩個池篩選標記，多態性標記可能表示與感興趣的某個基因或QTL連鎖。在檢測兩個DNA池之間的多態性時，通常應以雙親的DNA作對照，以利于對實驗結果的正確分析和判斷。
• BSA-seq相比于傳統的凝膠電泳技術，實現了標記開發與基因分型的整合，同時能夠低成本且快速的完成基因的初定位工作。
• 根據研究表型或群體類型的不同，BSA-seq可分為：MutMap、QTL-seq。

• 根據技術的不同，BSA-seq可分為基于重測序的BSA；基于轉錄組的BSA（BSR）；基于簡化基因組測序的BSA（GBS-BSA）

  
  
  BSA-seq原理

BSA-seq方案設計

1. 群體選擇

• 常見的分離群體包括F2代群體、回交群體（BC）、重組自交系（RIL）、雙單倍體（DH）等均可以被用來進行BSA性狀定位。
• 目前文獻報道的多為F2分離群體（因為構建速度快）。

2. 性狀選擇

• 常規BSA-seq主要適用于質量性狀單基因或數量性狀主效基因的定位；
• 數量性狀選擇極端個體時，不要超過表型范圍的15%；
• 如果表型鑒定可能存在假陽性，盡量控制在10%以內；如果無法控制，可選擇構建單個混池測序。

3. 混池大小選擇

• 單個混池的數量最少10個，否則，定位結果的假陽性會較高；
• 在保障表型準確性的前提下，混池越大，定位區間越小；
• 混池越大，需要的測序深度越高；
• 定位區間還會受到群體類型、基因組大小、候選基因所在區間的影響。

4. 測序方法的選擇

• 小基因組物種，建議使用重測序，成本類似的情況下，獲得更多變異類型。
• 無參考基因組的物種，建議使用簡化基因組或轉錄組。

• 大基因組且有參考基因組，建議使用轉錄組。

  
  
  測序方法選擇

5. 親本測序選擇
是否需要進行親本測序？

• 使用參考基因組品系來源突變體研究時，可不測序親本；其他情況建議進行親本測序。

目的：

1. 過濾親本雜合SNP位點，提高定位結果的準確性；
2. 利用親本來源的SNP位點，可以避免假陽性結果。