參考自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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從原始的FASTQ生成TPM
比對(duì)使用STAR 計(jì)算counts使用featureCounts 轉(zhuǎn)化counts使用腳本 readsToTPM.pl $usage = "perl feartureCoun...
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p-value&q-value&FDR
P-value 的計(jì)算方式 1) P-value 是 (在H0 = true的情況下)得到和試驗(yàn)數(shù)據(jù)一樣極端(或更極端)的統(tǒng)計(jì)量的概率. 它不是H1發(fā)生的概率. 假定吃蘋(píng)果的...
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GO富集分析＼KEGG
##Time:2017-10-8 ##Author:Feng Shengyu #-----------------------------------------------...
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新的序列比對(duì)軟件---STAR
nohup STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate --genomeDir ./ --genomeFastaFiles ....
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vi
一、打開(kāi)文件、保存、關(guān)閉文件(vi命令模式下使用) vi filename //打開(kāi)filename文件 :w //保存文件 :w yusi123.com//保存...
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du&df
du -h （disk usage -human） 查看當(dāng)前目錄下所有文件的大?。ㄟf歸查詢(xún)） -h 的意思是human，用人可以看懂的方式呈現(xiàn) du -sh 查看當(dāng)前目錄中...
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GO富集分析&pathway分析
目的：通過(guò)GO富集分析，可以將差異表的的基因按照其功能進(jìn)行歸類(lèi)，達(dá)到對(duì)基因進(jìn)行注釋和分類(lèi)的目的。 富集的原理：enrich_factor-----( 某個(gè)term中出現(xiàn)的差異...
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數(shù)據(jù)處理，分析與展現(xiàn)，R語(yǔ)言編程，Python, 圖表制作，基于數(shù)據(jù)的決策與執(zhí)行,算法。Life is short, use Linux.
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WGCNA
原理：WGCNA算法首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無(wú)尺度分布，并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù)，然后計(jì)算不同節(jié)點(diǎn)的相異系數(shù)，并據(jù)此構(gòu)建分層聚類(lèi)樹(shù)(，該聚類(lèi)樹(shù)的不同分支代...
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Linux 核心數(shù)與線(xiàn)程數(shù)、CPU之間的關(guān)系
查看物理CPU的個(gè)數(shù) grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u 查看每個(gè)CPU上具有的核心數(shù)量 grep 'core id' /p...
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wget
下載所有的以gtf為后綴的文件： wget -c -r -np -nd -k -L -A “*gtf.gz”ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencod...
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fastq文件詳解
@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393 1:Y:18:ATCACG EAS139the unique instrument name ...
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保研
似乎是名額終于定下來(lái)了~~~終于可以解放一下下了 到底要去哪？難道我真的就這樣放棄去北大，上交這種一流名校的機(jī)會(huì)，選擇最開(kāi)始的同濟(jì)？到底是為什么？是什么吸引了我？我怕是中毒了...
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生信--RNA-Seq數(shù)據(jù)分析
使用的數(shù)據(jù)，雙端測(cè)序數(shù)據(jù)clean data 1 &clean data 2 1、bowtie建庫(kù) bowtie2-build genome.fa genome_index ...
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寫(xiě)R作圖的原因以后，我會(huì)把R語(yǔ)言中的一些各種作圖的命令，整理一下，不斷的在博客中更新，一方面，便于自己對(duì)知識(shí)的整理與積累，另一方面也希望和更多的朋友分享自己的知識(shí)，并希望可以結(jié)交更多...
