nohup STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate --genomeDir? ./ --genomeFastaFiles ../GRCm38.p5.genome.fa --sjdbGTFfile ../gencode.vM15.annotation.gtf &

這一步類似于bowtie的建庫過程

—runMode：運行程序模式，默認是比對，所以第一步這個參數設置很關鍵

—runThreadN：運行的線程數

—genomeDir：這個參數很重要，是存放你聲稱index文件路徑，需要你事先建立一個有可讀寫權限的文件夾

—genomeFastaFiles：基因組fasta格式文件

—sjdbGTFfile：GTF注釋文件

—sjdbOverhang：這個值為你測序read的長度減1，是在注釋可變剪切序列的時候使用的最大長度值

nohup STAR --runThreadN 10 --genomeDir genome/index/ --readFilesIn sequence.fq? --outFileNamePrefix kobe &

—readFilesIn 輸出的原始測序數據

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate 輸出格式為BAM并排序

--chimSegmentMin20 輸出融合轉錄本，20代表比對的最短的堿基數目

--outFileNamePrefix? 輸出文件的前綴

--quantMode TranscriptomeSAM? 轉錄本定量