以大設施anlei01環境為例 1、配置miniconda軟件 2、設置環境 建立一個RNA-seq分析環境，這樣是為了和其他環境區分開，以免本環境損壞造成其他環境也異常，也...
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轉錄組服務器配置 -
1.CUT&Tag 數據分析實戰（1）跟著官網[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學習CUT&Tag數據分析，參考：protocol[https://w...
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單細胞實戰(1)數據下載-數據讀取-seurat對象創建這篇文章我們將介紹從geo數據庫下載單細胞測序數據后，多種數據格式多樣本情況下，如何讀取數據并創建seurat對象。 本文主要結構： 一、數據下載 二、數據讀取與seurat...
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適用于scRNA-seq的細胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下，我安裝過程的慘痛經歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發現安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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單細胞轉錄組流程二：超詳細！ Seurat打通單細胞常規流程Seurat standard pipeline(10核心流程) 創建Seurat對象 Read10X CreateSeuratObjecet 質控 Perc...
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小王的ChIP-seq傻瓜學習教程(糾錯更新中)一套H3K4me3的數據，GSE167940，單端single，無input!!有了！一翻郵件交流發給我了 一套H3K27ac的數據，GSE165809，單端single，有...
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motif預測
Homer做motif預測，用法詳解查homer網站 有兩種情況 1、想看關注基因的啟動子區TF預測 2、想看關注片段的TF預測 第一種看基因 只需要知道基因ID就行了，ho...
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maSigPro 處理時間序列轉錄組數據時間序列研究的是基因表達的動態行為，測量的是一系列和時間點之間有強烈相關性的過程。和針對某一時間點的基因表達進行差異分析不同，時間序列更加關注是發現基因表達的趨勢，以有助于理...
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RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同組間差異表達分析使用DEseq2循環做多組間差異表達分析 當有多組RNA-seq數據時，有時需要對多個組合進行差異表達分析，例如當我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四組時，我需要...
