針對上次RIP-MTO1 返回來的數據進行分析 1. fastqc 檢查下數據質量 結果顯示已去除接頭 2. flash 雙端測序reads 進行拼接 生成了6個文件 FL...
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2022-09-29 分析MTO1_RIP 線粒體RNA的分布 -
2022-09-23 small RNA 分析ncRNA 注釋[【基因組注釋】ncRNA注釋 原創]（https://blog.51cto.com/u_15668923/5639934[https://blog.51cto.com/u_...
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2022-09-30 mto1_rip 3和5 序列分析1. fastq 轉換為fasta 格式 利用之前的perl程序，生成uniq的序列文件，readcounts文件，長度分布文件 perl groupReads.pl MTO...
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2022-10-11 trit1 3 5端分析flash 合并雙端讀數 轉為fa文件 uniq 序列 makeblastdb -in ./mito_index/Danio_rerio.GRCz11.dna.chromos...
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2023-01-10 gsea
https://www.sohu.com/a/281843011_120055884[https://www.sohu.com/a/281843011_120055884]h...
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ChatGPT加持的微軟New Bing（國內申請與使用）新必應申請 下載安裝 Edge dev 版本，這個版本可以直接申請(不用梯子)使用 Edge dev 下載鏈接：www.microsoftedgeinsider.com/zh...
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2023-02-14 文本改寫https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRewriting/API.html[https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRe...
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GSEA富集分析基本概念 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)是一種的計算方法，用于評估在一個預設訂的基因集中，兩個生物學數據集間，是否存在統計學上顯著且一...
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2022-12-11 斑馬魚8和16 時序GO 分析Mfuzz做轉錄變化的時間趨勢分析后對每個趨勢分組挑一個代表性基因https://cloud.tencent.com/developer/article/2018571[ht...
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2022-10-16 bowtie-bowtie2去核糖體RNA
http://www.lxweimin.com/p/1cf3465b7e49[http://www.lxweimin.com/p/1cf3465b7e49]
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2022-12-11 避免不同R包，里面相同參數名字干擾help(simplify)發現有包的函數重復args(simplify) 查看目前函數用的哪些參數想用clusterProfiler里面的simplify 函數，但是pur...
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bowtie-bowtie2去核糖體RNA一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 打開NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“ 點擊 Ovis a...
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small RNA學習（一）：GEO數據下載一般在轉錄組或者基因表達相關的文獻中，末尾都會附上Accession Numbers，可以用這個編號在GEO(Gene Expression Omnibus)數據庫上下載該研...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯重復序列的軟件，無需安裝，使用簡單方便。 1. 重復序列分為串聯重復序列和散在重復序列（轉座子）； 串聯重復序列又包含衛星序列 >...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【二】 因為之前碰到...
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批量導入NCBI下載到本地的引文到EndnoteEndnote可以批量導入pdf格式文件。但對下載到本地的引文無法批量導入。如果本地有很多這種引文，那一個個導入很麻煩。可以用以下批處理命令實現一次導入 存為.bat格式即可...
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2022-07-29 GEO數據庫與DAVID如輸入mir29a，結果如下 數據集 表達譜 GEO數據庫類型 系列GSE ; 平臺 GPL; 樣本 GSA; 物種 G 從主頁中點擊以上任何一個類型 GEO數...
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2022-06-04 cytosacape 運用cytoscape 安裝過程，一直默認即可，不需要更改位置安裝教程參考https://cloud.tencent.com/developer/news/96301[https...
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轉錄組不求人系列(九)：FPKM值基因表達量的計算、基因ID轉gene symbol的例子
高通量測序數據一般公司都會提供兩種矩陣，一種是Row counts，前面說過的用于差異基因的篩選。第二種是FPKM值，可以理解為轉錄組基因的表達矩陣，可以用于做熱圖和基因表達...