@姚良飛 一般Fst的負值意義不大
遺傳分化指數(shù)(Fst)的計算在群體遺傳學中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標有許多種,較為常見的就是遺傳分化指數(shù)(Fst),fst是由F統(tǒng)計量演變而來,F(xiàn)統(tǒng)計量主要有三種(FIS,F(xiàn)IF,F(xiàn)ST)。Fst...
@小灰灰不會飛那又怎樣 謝謝你,請問這個bed文件又是什么呢,我現(xiàn)在只有bam文件
基因融合 — step2 Delly 軟件一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
@fatlady 我看到里面只有一些模式動物的,比如人的,小鼠的,果蠅等等,但是如果我想做其他物種的,這個文件應該去那里找呢?
CNV calling | DELLY基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis,檢測結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
筆者你好,我想了解一下這個-x參數(shù)后面的.excl文件,我看delly里面給的只有人,果蠅,小鼠,和酵母的文件,如果我想做其他物種的比如牛的或者狗的SV檢測,那這個文件我應該去哪里找呢?謝謝
CNV calling | DELLY基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis,檢測結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
筆者你好,我想了解一下這個-x參數(shù)后面的.excl.tsv文件,我看delly里面給的只有人,果蠅,小鼠,和酵母的文件,如果我想做其他物種的比如牛的或者狗的SV檢測,那這個文件我應該去哪里找呢?謝謝
基因融合 — step2 Delly 軟件一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
@牛頓大尉 教程都寫在帖子里面了
基于R語言使用xp-ehh做選擇信號分析的個人筆記自從第一次了解選擇信號之后就對其產(chǎn)生了濃厚的興趣,通過讀文章知道有許多的方法來對基因組上的選擇信號進行檢測,比如Fst,EHH,IHS,LD等等方法都可以檢測選擇信號,但是我...
樓主你好,因為我們計算的TOM矩陣中的兩個基因之間的值就是后面輸出到cytoscape軟件中的weight值,但是每兩個基因之間都會有有一個權(quán)重值,就導致了每兩個基因之間都會有一條邊,所應該設(shè)定一個閾值,把一些weight值較小卡掉,但是這個閾值怎么設(shè)置,設(shè)置為多少才能認為兩個基因之間存在關(guān)系。
WGCNA實例分析及解讀(附代碼)WGCNA分析基于兩個假設(shè):1.相似表達模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路,2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布。基于這兩點,可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達相似性劃分為不同的模塊...
筆者你好,我也遇到了問題,就是如何確定這個聚類c的個數(shù),c的最佳值應該怎么確定呢?有沒有一個標準呢?
Mfuzz的使用最近在進行ATAC和RNA-Seq的聯(lián)合分析,由于處理的材料是時間相關(guān)的,所以time-course也是一個可以分析的點。在一位劉潛老哥的幫助下,我找到了一篇靠譜熊 轉(zhuǎn)錄組時...
筆者你好,我在用biomart這個R包取基因的3utr的時候發(fā)現(xiàn)有些基因的結(jié)果是“Sequence unavailable”,是怎么回事。這個基因沒有3utr嗎?
biomaRt: 用R愉快檢索BioMart數(shù)據(jù)庫網(wǎng)速慢的原因找到了 R 與 BioMart 數(shù)據(jù)庫的語言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
這個數(shù)據(jù)庫可以預測豬的轉(zhuǎn)錄因子和miRNA 的調(diào)控關(guān)系嗎?
TransmiR:轉(zhuǎn)錄因子和miRNA調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)庫歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! mRNA可以翻譯成各種功能的蛋白,其中有一類研究調(diào)控蛋白研究的非常火熱,即轉(zhuǎn)錄因子transcription factor, 簡稱TF,TF參與調(diào)...
@六六_ryx 請問這個cytoscape的閾值設(shè)置與前面的軟閾值有關(guān)系嗎這兩個??就是輸出到cytoscape中的weight值的閾值與確定軟閾值的R2值要一致嗎??
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀,所以可以進行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析,挑選的標準可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達的基因集合等等。...