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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計(jì)算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見(jiàn)的就是遺傳分化指數(shù)（Fst），fst是由F統(tǒng)計(jì)量演變而來(lái)，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量主要有三種（F...
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plink格式文件與vcf格式文件相互轉(zhuǎn)化
有的時(shí)候在做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，會(huì)用到各種各樣的分析軟件，而每個(gè)分析軟件又有與之相匹配的輸入文件格式。格式不對(duì)，會(huì)很麻煩，有時(shí)候會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤的結(jié)果，甚...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見(jiàn)的內(nèi)容，同時(shí)也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。在很多的遺傳進(jìn)化GWAS的文章中都會(huì)出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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利用plink對(duì)snp質(zhì)控的指標(biāo)和基本流程
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時(shí)，首先應(yīng)該想到要對(duì)snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè)和控制。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析，如何分析。snp的質(zhì)控是非常重要的，如果s...
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基于r語(yǔ)言利用qqman畫(huà)曼哈頓圖和QQ圖
GWAS現(xiàn)在非常的流行，尤其是在復(fù)雜疾病的研究，由于在畜牧的行業(yè)里許多的經(jīng)濟(jì)性狀與我們動(dòng)物的遺傳育種與繁殖息息相關(guān)。而且許多經(jīng)濟(jì)性狀都是屬于數(shù)量...
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利用R語(yǔ)言做主成分分析（PCA）自學(xué)筆記
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 將多個(gè)變量通過(guò)線性變換以選出較少個(gè)數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計(jì)分析方...
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基于R語(yǔ)言使用xp-ehh做選擇信號(hào)分析的個(gè)人筆記
自從第一次了解選擇信號(hào)之后就對(duì)其產(chǎn)生了濃厚的興趣，通過(guò)讀文章知道有許多的方法來(lái)對(duì)基因組上的選擇信號(hào)進(jìn)行檢測(cè)，比如Fst，EHH，IHS，LD等等...