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遺傳分化指數(Fst)的計算
在群體遺傳學中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數（Fst），fst是由F統計量演變而來，F統計量主要有三種（F...
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plink格式文件與vcf格式文件相互轉化
有的時候在做數據分析的時候，會用到各種各樣的分析軟件，而每個分析軟件又有與之相匹配的輸入文件格式。格式不對，會很麻煩，有時候會出現錯誤的結果，甚...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見的內容，同時也是關聯分析的基礎。在很多的遺傳進化GWAS的文章中都會出現LD衰減或者block單...
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利用plink對snp質控的指標和基本流程
在拿到一組snp數據時，首先應該想到要對snp數據的質量進行檢測和控制。然后再考慮這組數據該怎么分析，如何分析。snp的質控是非常重要的，如果s...
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基于r語言利用qqman畫曼哈頓圖和QQ圖
GWAS現在非常的流行，尤其是在復雜疾病的研究，由于在畜牧的行業里許多的經濟性狀與我們動物的遺傳育種與繁殖息息相關。而且許多經濟性狀都是屬于數量...
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利用R語言做主成分分析（PCA）自學筆記
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 將多個變量通過線性變換以選出較少個數重要變量的一種多元統計分析方...
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基于R語言使用xp-ehh做選擇信號分析的個人筆記
自從第一次了解選擇信號之后就對其產生了濃厚的興趣，通過讀文章知道有許多的方法來對基因組上的選擇信號進行檢測，比如Fst，EHH，IHS，LD等等...