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單細胞數據的導入與質控 - Seurat
###################################### 題目：單細胞數據的導入與質控 - Seurat 語言：R Author: YQ#########...
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Linux及相關生信技能筆記
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轉錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具
對于轉錄組分析，差異基因篩選完成后，就算是成功一大半了。接下來就可進行下游分析了。首先最常見的就是對上下調基因的富集分析了，富集分析我們之前出過一期R語言版本的： clust...
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收集各種單細胞測序數據分析方法
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funkyheatmap |臨床+組學+分組數據可視化“神器”，時髦的熱圖
|本文首發于“生信補給站”公眾號，https://mp.weixin.qq.com/s/04FA3O4QVwg9CNtHBWbUYw[https://mp.weixin.qq...
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學習筆記harmony原理：Harmony需要輸入低維空間的坐標值（embedding），一般使用PCA的降維結果。 這是一種將細胞投射到共享嵌入中的算法，其中細胞按細胞類型而不是特定于數據集的條...
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NBIS系列單細胞轉錄組數據分析實戰（五）：基因差異表達分析第五節：基因差異表達分析 在本節教程中，我們將介紹基因差異表達分析的相關知識。在單細胞數據分析中，差異表達分析可以具有多種功能，例如鑒定細胞群的標記基因，以及跨條件（健康與對...
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盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學習--詳細版只有下水才會學會游泳，今天我想下水了。首先本人對單細胞測序數據的處理一無所知，但看過一些單細胞測序的文章，有一些R語言基礎和跑過一些RNA-seq上游分析的經驗，流程是跑過但...
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詳細介紹新版SingleR進行單細胞自動化鑒定
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細胞轉錄組技術的普及，現在的單細胞轉錄組分析越來越普及，得到的單細胞數據越來越多。然而單細胞轉...
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04.單細胞亞群注釋
根據前述教程，我們已經完成了Seurat對象的構建-質控-降維-聚類。最終得到了細胞的分群如下： 那么接下來我們就要對得到的分群進行細胞類型的注釋。 細胞類型的注釋是根據每個...
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單細胞數據整合-1：Harmony原理介紹和官網教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關于Harmony操作是否會對差異分析產生影響 1. 原理介紹 官網：https://github.com/immunogenomic...
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Seurat的三種單細胞數據整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關鍵詞 批次效應 批次校正 單細胞數據整合 適用背景 單細胞數據由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數據集之間存在批次效應，這種批次效應是人為因素造成的，沒有實際的生物學意義，...
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PCA(principal component analysis,主成分分析)1. 簡介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監督的數據降維方法。首先利用線性變換，...
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PCA——主成分分析原理1、主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 是一種統計方法[https://baike.baidu.com/item/%E7%BB%...
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10xGenomics單細胞轉錄seurat包提取表達量畫小提琴圖10xGenomics單細胞轉錄seurat包提取表達量畫小提琴圖 需求提取表達畫小提琴圖對噪音處理 需求 其實seurat包已經有畫小提琴圖的函數，VlnPlot，參數也較...
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波屯搬磚ing
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數據處理，分析與展現，R語言編程，Python, 圖表制作，基于數據的決策與執行,算法。Life is short, use Linux.
