對(duì)于轉(zhuǎn)錄組分析，差異基因篩選完成后，就算是成功一大半了。接下來(lái)就可進(jìn)行下游分析了。首先最常見(jiàn)的就是對(duì)上下調(diào)基因的富集分析了，富集分析我們之前出過(guò)一期R語(yǔ)言版本的：
這里就不再贅述了，我們介紹一款NCS文章比較喜歡的、出現(xiàn)率較高的功能富集工具---Metascape (https://metascape.org/gp/index.html)。
Metascape是一款免費(fèi)的在線工具，使用簡(jiǎn)便易操作。更重要的是其包含多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，結(jié)果可靠，可視化結(jié)果也不錯(cuò)，可以直接用于發(fā)表文章，很多文章中直接用的metascape導(dǎo)出的圖。
一、基本分析
接下來(lái)，具體看看如何操作。step1：直接粘貼基因名稱。step2：選擇物種。step3：點(diǎn)擊Express Analysis（包含所有結(jié)果）。就可以坐等結(jié)果了。
分析結(jié)束后點(diǎn)擊analysis report就可以查看結(jié)果了。包含富集結(jié)果柱狀圖，這個(gè)結(jié)果已經(jīng)是去除冗余信息的：
Pathway and Process Enrichment Analysis：
還有基因互作、轉(zhuǎn)錄因子、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)富集等等。最終結(jié)果點(diǎn)擊頁(yè)面最上方下載所有的結(jié)果，由excel 表，也有圖形等等。
二、選擇性分析
如果在分析之初，不想選擇所有的數(shù)據(jù)庫(kù)，只需某種分析例如GO、KEGG，則在首頁(yè)上傳完基因后，選擇custom analysis。然后可以自己選擇相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)，設(shè)置閾值等德國(guó)，再點(diǎn)擊enrichment analysis，等待結(jié)果。
三、多組分析
前面說(shuō)的都是一組的富集分析，如果由多組，metascape也可以實(shí)現(xiàn)，上傳基因是做好分組，選擇mutiple gene list，然后上傳文件。然后后續(xù)的分析和之前一樣。
Heatmap顯示富集結(jié)果：
Protein-protein Interaction Enrichment Analysis：
總之，metascape的使用還是很方便的，我們從它主頁(yè)也能看出，有很多文章做功能富集分析都選擇使用這個(gè)工具，所以放心使用吧！
雖然metascape的可視化結(jié)果已經(jīng)很好了，但是下一節(jié)，我們還是說(shuō)說(shuō)如何進(jìn)行個(gè)性化的富集結(jié)果展示，讓自己的結(jié)果展示更加高大上！
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