轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具

對(duì)于轉(zhuǎn)錄組分析,差異基因篩選完成后,就算是成功一大半了。接下來(lái)就可進(jìn)行下游分析了。首先最常見(jiàn)的就是對(duì)上下調(diào)基因的富集分析了,富集分析我們之前出過(guò)一期R語(yǔ)言版本的:

clusterProfiler:基因功能富集分析的驚喜之作

這里就不再贅述了,我們介紹一款NCS文章比較喜歡的、出現(xiàn)率較高的功能富集工具---Metascape (https://metascape.org/gp/index.html)。

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Metascape是一款免費(fèi)的在線工具,使用簡(jiǎn)便易操作。更重要的是其包含多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),結(jié)果可靠,可視化結(jié)果也不錯(cuò),可以直接用于發(fā)表文章,很多文章中直接用的metascape導(dǎo)出的圖。

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一、基本分析

接下來(lái),具體看看如何操作。step1:直接粘貼基因名稱。step2:選擇物種。step3:點(diǎn)擊Express Analysis(包含所有結(jié)果)。就可以坐等結(jié)果了。

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分析結(jié)束后點(diǎn)擊analysis report就可以查看結(jié)果了。包含富集結(jié)果柱狀圖,這個(gè)結(jié)果已經(jīng)是去除冗余信息的:

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Pathway and Process Enrichment Analysis:

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還有基因互作、轉(zhuǎn)錄因子、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)富集等等。最終結(jié)果點(diǎn)擊頁(yè)面最上方下載所有的結(jié)果,由excel 表,也有圖形等等。

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二、選擇性分析

如果在分析之初,不想選擇所有的數(shù)據(jù)庫(kù),只需某種分析例如GO、KEGG,則在首頁(yè)上傳完基因后,選擇custom analysis。然后可以自己選擇相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù),設(shè)置閾值等德國(guó),再點(diǎn)擊enrichment analysis,等待結(jié)果。

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三、多組分析

前面說(shuō)的都是一組的富集分析,如果由多組,metascape也可以實(shí)現(xiàn),上傳基因是做好分組,選擇mutiple gene list,然后上傳文件。然后后續(xù)的分析和之前一樣。

Heatmap顯示富集結(jié)果:

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Protein-protein Interaction Enrichment Analysis:

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總之,metascape的使用還是很方便的,我們從它主頁(yè)也能看出,有很多文章做功能富集分析都選擇使用這個(gè)工具,所以放心使用吧!

雖然metascape的可視化結(jié)果已經(jīng)很好了,但是下一節(jié),我們還是說(shuō)說(shuō)如何進(jìn)行個(gè)性化的富集結(jié)果展示,讓自己的結(jié)果展示更加高大上!

往期精彩****:

1、熱圖5:ggplot2畫(huà)熱圖及個(gè)性化修飾

2、復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表(二):一勞永逸,R語(yǔ)言一鍵畫(huà)表達(dá)量箱線圖并添加顯著性

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5、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十一): R語(yǔ)言繪制不一樣的韋恩圖

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