文章中圖4. Jersey 牛 Ketosis 估計遺傳趨勢。 背景： 未知親本組（UPG）根據產地（國家，品種）、年份和選擇途徑對缺失的親本關系進行建模（注：我國動物系譜記...
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IP屬地：江蘇
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定義未知親本組(UPG)工具—利于聯合育種 -
搜索致病遺傳變異的生物信息學方案本文亮點 整合生物信息學和多組學方法對于識別和確定復雜性狀和疾病中的因果遺傳變異至關重要。 小鼠的Pla2g4e基因案例研究說明了使用調控元件內的SNP來縮小致病變異范圍的實...
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MegaLMM結合表型組（數千性狀）在動物遺傳育種應用探索研究流程圖 摘要 背景 隨著動物表型組學（遙感等）和深度表型（多組學數據）分析的快速發展，可以從每個個體獲得數千種傳統（但也有分子）表型。然而，在動物育種方面，如何處理如此大...
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綜述：動物表型組學：利用人工智能、大數據、可穿戴設備和物聯網進行高通量家畜表型分析文章要點 隨著遺傳數據越來越容易獲取，表型分析取代基因分型成為遺傳學研究的瓶頸。 使用機器學習（通常稱為“人工智能”）生成身體測量值和活動數據的新型可穿戴設備和相機或錄音機等...
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飼料效率和腸道甲烷排放指標與瘤胃微生物組成結果不一致亮點 ? 與飼料效率和甲烷排放相關的瘤胃微生物群的結果受到所用指數的影響? 特定的瘤胃微生物分類群與每個指數相關? 標準化飼料效率和甲烷排放指標對于準確評估瘤胃微生物群的重要...
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從遺傳關聯到基因：方法、應用和挑戰 (綜述)重點 將全基因組關聯研究 (GWAS) 與分子數量性狀位點 (xQTL)（包括背景依賴性 (cd)-xQTL）跨多個組學水平相結合，有助于揭示 GWAS 信號背后的假定因果基...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等，本文主要運用ggplot2和ggrepel兩個R包演示[1][2]。橫坐標為Fol...
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全基因組序列數據對家畜全基因組關聯研究的貢獻：結果和觀點綜述的主要結論 全基因組序列數據的采用并沒有導致對因果變異進行更精細的繪制。 更大的樣本量和多樣性比更高的變異密度更有利。 多品種全基因組關聯研究或薈萃分析提高了檢測能力。 ...
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表觀組學數據用于基因組選擇文章名字翻譯：通過家畜物種表觀基因組數據的調控特征篩選和評估功能變異 摘要 背景： 基因組調控區域中的單核苷酸多態性 (SNP) 和小插入/缺失 (2-50bp) 可能會影響...
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這個給出的是每條序列代表一個體； 一般測序只會給你SNP位點上的一個堿基；一般分析是不考慮三個或多個等位基因
1-群體遺傳的基礎介紹
群體遺傳學狹義上是指分子群體遺傳學，主要是研究基因組內突變在群體中頻率的升高或降低。研究內容有：群體結構，遷移史，群體有效群體大小。通過一些模型對上述內容進行分析。 以下前5...
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學習Bayes-軟件前一段時間進行了Bayes培訓，所以想總結和進一步學習Bayes方法。主要是用來估計SNP的效應(GWAS)和應用不同生物信息給SNP權重，提高GP的準確性 Bayes算法簡...
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Genotype data ID處理
因為動物的ID長短不同，但是BLUPF90軟件進行分析時，要求ID必須相同，可以做如下處理：Linux 自己使用awk '{printf "%-16s %-566170s \...
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Adobe Acrobat Pro DC 2022 軟件下載安裝詳細教程軟件介紹 Adobe Acrobat Pro DC 2022是一款由Adobe官方推出的PDF編輯和閱讀軟件，是目前互聯網上最專業最優秀的桌面pdf解決方案，它將全球最佳的P...
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在沒有系譜信息的情況下對熱帶肉牛進行多品種基因組評估此文章是Ben J. Hayes作為一作發表在GSE上。其提出的新模型可能非常有利于我國地方品種動物的遺傳估計。所以進行翻譯和分享。 背景 在多品種熱帶肉牛群體中實施基因組選...
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本公眾的三個合集（文獻總結，算法與軟件，模型）已經寫了近三年的博客，對過去的發表內容進行了一個簡單總結，分為了三個合集。如果有需要查看的，可以直接查看集合鏈接。 1. 文獻總結 鏈接：https://mp.weixin....
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多組學結合基因組來增加基因組預測（GP）的準確性最近參加了EAAP會議，聽了 Ole F. Christensen報告了將多組學數據加入到GP中的報告。 其測試的結果是：微生物組(https://doi.org/10.31...