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文章中圖4. Jersey 牛 Ketosis 估計(jì)遺傳趨勢(shì)。

背景：

未知親本組（UPG）根據(jù)產(chǎn)地（國(guó)家，品種）、年份和選擇途徑對(duì)缺失的親本關(guān)系進(jìn)行建模（注：我國(guó)動(dòng)物系譜記錄也有待加強(qiáng)， 當(dāng)然對(duì)于豬聯(lián)合遺傳育種這個(gè)更需要定義）。遺傳評(píng)估需要合理的規(guī)則來(lái)定義未知親本組，以確保準(zhǔn)確估計(jì)并避免跨品種或年份比較動(dòng)物的偏差。隨著評(píng)估的復(fù)雜化，需要系統(tǒng)規(guī)則來(lái)形成未知親本組。

解決方法

提出了一種策略來(lái)衡量信息，壓縮和重新定義跨年份的未知親本組，并最終評(píng)估未知親本組估計(jì)的精度。這些工具將有助于估計(jì)更準(zhǔn)確、偏差更小的育種值。

• 首先，可以通過(guò)譜系和記錄中的動(dòng)物列表輕松計(jì)算出偽計(jì)數(shù)基于有記錄后代記錄，方法是將標(biāo)記的動(dòng)物通過(guò)譜系從最年輕到最年長(zhǎng)傳播到祖先。
• 然后提出了 2 條規(guī)則，一條規(guī)則向前連接未知親本組直到記錄出現(xiàn)（PS：即所有具有記錄以前的所有UPG可以為并為一個(gè)），第二條規(guī)則向后連接連續(xù)的未知親本組以實(shí)現(xiàn)最小偽計(jì)數(shù)（PS:即自己設(shè)定閾值，超過(guò)這個(gè)記錄）。
• 最后，一個(gè)簡(jiǎn)化的模型估計(jì)了未知親本組對(duì)比的精度。

結(jié)果

• 即使對(duì)于非常大的數(shù)據(jù)集，計(jì)算也是可行的。

• 作者們用 2 個(gè)來(lái)自美國(guó)所有品種ABLUP 產(chǎn)量和健康性狀評(píng)估的例子來(lái)說(shuō)明。

• 對(duì)于產(chǎn)量性狀，偽記錄的數(shù)量非常高，加入未知親本組主要發(fā)生在小型品種中。加入與否都會(huì)產(chǎn)生非常相似的估計(jì)育種值和遺傳趨勢(shì)，不會(huì)產(chǎn)生任何影響。

• 對(duì)于健康性狀，加入未知親本組適用于所有品種，小型品種的加入更多。對(duì)于某些性狀-品種組合，加入或不加入 UPG 會(huì)導(dǎo)致完全不同的遺傳趨勢(shì)和估計(jì)育種值。

• 所有成對(duì)未知親本組的近似對(duì)比表明，加入U(xiǎn)PG策略可以實(shí)現(xiàn)更高的精度，即標(biāo)準(zhǔn)誤差更低。

細(xì)節(jié)

計(jì)算步驟

-1. 獲得每個(gè) UPG 的偽記錄數(shù)
基于三個(gè)假設(shè)(（1）忽略V中的協(xié)方差結(jié)構(gòu)，即譜系或基因組關(guān)系；（2）有記錄的動(dòng)物只有一條記錄；（3） Xb中的當(dāng)代群體和其他效應(yīng)不會(huì)“損害” UPG 估計(jì))后，一個(gè)近似模型：

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• 2.a 根據(jù)偽計(jì)數(shù)按時(shí)間向后連接 UPG(計(jì)算每個(gè)UPG的偽計(jì)數(shù)，設(shè)定閾值，再合并不滿(mǎn)足閾值的UPG分組)
• 2.b 根據(jù)首次錄制的日期及時(shí)加入 UPG： 合并那些出生年份早于記錄開(kāi)始的群體

-3. UPG 解的計(jì)算精度
需要解除： ( Q *′ V ?1 Q ) ^?1， 這里首先要有Q，才能能到Q, 這其中涉及到Q+（計(jì)算過(guò)程可以在上述附件中看到Julia代碼）

• 4. 衡量精度的指標(biāo)：
     對(duì)于兩個(gè)不同的 UPG，例如i和j，比率（下圖）是估計(jì)誤差的漸近相關(guān)性。負(fù)值（例如 -0.9）表示兩個(gè) UPG 是混雜的，因?yàn)樗鼈兊目偤驮谟涗浿惺腔祀s的。且它表明各個(gè) UPG 可能合并

     
     
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     另一個(gè)診斷方法是兩個(gè)或多個(gè) UPG 之間的對(duì)比方差
     另一個(gè)有趣的對(duì)比是全品種評(píng)估中的品種對(duì)比。
     最后一個(gè)測(cè)量是元?jiǎng)?chuàng)始人的準(zhǔn)確性

實(shí)際使用的2 個(gè)性狀組

• 產(chǎn)量（牛奶、脂肪和蛋白質(zhì)產(chǎn)量）
• 健康狀況（低鈣血癥、皺胃露胃、酮癥、臨床乳腺炎、子宮炎和胎盤(pán)滯留）
  有關(guān)更詳細(xì)的描述，請(qǐng)參閱https://uscdcb.com/individual-traits/
  使用多性狀模型分別分析每個(gè)性狀組，因此 UPG 的定義在性狀組內(nèi)是相同的，但在不同性狀組之間可能不同

在 CDCB，UPG 最初是在包含數(shù)據(jù)庫(kù)中所有動(dòng)物的大型譜系中分配的。UPG 是根據(jù)動(dòng)物的品種、途徑（根據(jù)品種有 1 到 5 種不同的途徑）和出生年份（最早的年份是 1900 年）為整個(gè)譜系定義的。

展示對(duì)系譜需要進(jìn)行的一些統(tǒng)計(jì)查看

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參考文獻(xiàn)

Tools to refine unknown parent groups definition. A. Legarra and? I. Aguilar.