本文主要介紹一些生物小工具,尤其是在文章中的，還有就是生物信息學(xué)方面的，總而言之，言而總之，希望能夠幫助到大家。 關(guān)鍵詞：生物信息學(xué)工具;繪圖工具 1、itol用于對(duì)系統(tǒng)進(jìn)化...
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收藏貼-基因/蛋白功能注釋、富集分析在線工具詳解
Metascape網(wǎng)站（http://metascape.org ）是一個(gè)能對(duì)基因或蛋白質(zhì)列表進(jìn)行注釋和富集等分析的在線工具，除了傳統(tǒng)的GO注釋和富集之外還提供的蛋白質(zhì)互作分...
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R語言實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁版做，但有上限2000個(gè)基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析R包seruat的版本比較
最近在用R學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析，讓我比較頭大的是seruat包，這個(gè)包的2.0+版本與3.0+版本差異真的很大。 參考視頻是bilibili上‘生信技能樹’的教學(xué)視頻，用的是...
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測(cè)序量會(huì)有差異，最簡單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計(jì)算counts per million (CPM)，即原始reads count除以總reads...
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單細(xì)胞預(yù)測(cè)Doublets軟件包匯總|過渡態(tài)細(xì)胞是真的嗎？
寫在前面 Doublets ：一個(gè)液滴或一個(gè)微孔中包含了2個(gè)或多個(gè)細(xì)胞。 對(duì)于高通量方法，在細(xì)胞捕獲效率和雙重比例之間存在折中，通常的做法是以1-5％的雙重線為目標(biāo)（Zieg...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
