本文主要介紹一些生物小工具,尤其是在文章中的，還有就是生物信息學方面的，總而言之，言而總之，希望能夠幫助到大家。
關鍵詞：生物信息學工具;繪圖工具
1、itol用于對系統進化樹進行美化的工具（關鍵詞：進化樹，系統發育樹，可視化，美化，iTOL，EvolView）
另外一個
EvolView
https://www.evolgenius.info/evolview/#login
當然還有個PC端的Figtree
2、GSDS用于顯示基因結構的，但不僅限于此(關鍵詞：可視化，基因結構，gff3文件)
3、ExPAS蛋白理化性質（關鍵詞：分子質量，等電點，親疏水性）
https://web.expasy.org/protparam/
4、MEGA官方網站,有最新版本的MEGA（關鍵詞：進化樹，比對，nwk,meg）
5、SignalP-5.0信號肽預測
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
6、STRING蛋白互作(關鍵詞：擬南芥，蛋白互作，PPI？)
7、Plantcare元件預測(關鍵詞：元件，啟動子？元件預測)
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
8、SOPMA二級結構
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/htm;/
9、序列操作工具箱（關鍵詞：互補序列，反向互補，GC，開放閱讀框，PCR,堿基互補，等電點，親疏水性，圖譜，FASTA，翻譯，蛋白），當然很多是公司開發出來的，給客戶用。挺好的，致謝公司！
http://www.detaibio.com/tools/
https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/
10、SWISS-MODEL(三維結構)
https://swissmodel.expasy.org/
11、引物設計（引物，引物設計）（關于這些工具的用法，有時間我再寫）
http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/
http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/
http://primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi
http://primer3.ut.ee/
http://www.primer3plus.com/
http://bioinformatics.org/primerx/cgi-bin/DNA_1.cgi
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
https://probes.pw.usda.gov/cgi-bin/batchprimer3/batchprimer3.cgi
https://www.genscript.com/tools/real-time-pcr-taqman-primer-design-tool
https://www.genscript.com/tools/pcr-primers-designer
https://sg.idtdna.com/primerquest/home/index
http://www.premierbiosoft.com/qOligo/Oligo.jsp?PID=1
PrimerFactoryQt v.1.0.3
http://www.snowformatics.com/primer-factory.html
http://www.autoprime.de/AutoPrimeWeb
12、TargetP 1.1 Server亞細胞定位
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant-multi/
13、繪圖，包括想IBS能夠畫的，它也可以實現（基因結構可視化，元件可視化等）
https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/mydomains/
IBS:當然IBS同樣很強大，缺點就是得一個個添加
http://ibs.biocuckoo.org/download.php#
14、ProcessOn免費在線作圖（關鍵詞：思維腦圖，分支，分類）
https://www.processon.com/;jsessionid=22DBBFE25C74582FF3ADF01C197146F3.jvm1
15、Heatmap熱圖繪制（熱圖，時空表達）
http://www.qplot.cn:3838/apps/002-heatmap.2/
16、工具包內含多種圖形的繪制（維恩圖，熱圖，氣泡圖，主成分分析，相關性分析，聚類圖）
17、維恩圖
18、Clustergrammer聚類
http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/
19、微生信，強烈推薦，推薦，因為它也是整合了多個工具為一體（直方圖，面積圖，餅圖，圈圖，熱圖，雷達圖）
http://www.bioinformatics.com.cn/
20、WebLogo 3
http://weblogo.threeplusone.com/
21、文件轉換（pdf轉換，合并）
22、幕布，簡單繪制思維腦圖
23、重磅的文獻小鎮（文獻下載，影響因子查詢）
24、百度識圖，可以直接拖拽或者粘貼，還有上傳圖片
25、歐洲生信研究中心，這里面的工具也是不少的，在我看來它整合了多個數據庫，還有很多的小工具可以使用
https://www.ebi.ac.uk/services
26、常用繪圖工具Draw
27、悟空數據分析平臺，推薦，推薦（韋恩圖，雷達圖，）
https://www.omicsolution.org/wkomics/main/
28、也是相當厲害的一個網站了，同樣的功能太多了，無法描述，自行體會（熱圖，主成分，通路）
http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/
29、TBtools強烈推薦，推薦（基因組文件處理，可視化，序列簡化，提取，比對，基因家族全套，還有貪吃蛇（游戲））
這個軟件的開發者，CJ有公眾微信號的，生信札記，可前往查看具體細節
30、Alvis（系統發育樹）（表示沒有用過，genome）
https://bitbucket.org/rfs/alvis/downloads/
31、Dendroscope
官網是這么說的
圖例
32、Jalview（不推薦這個，那推薦什么）
官網原話（厲害了）： Jalview is a free program for multiple sequence alignment editing, visualisation and analysis. Use it to view and edit sequence alignments, analyse them with phylogenetic trees and principal components analysis (PCA) plots and explore molecular structures and annotation.
自己看吧
以上就是我用到的軟件，有新軟件我會持續更新的，謝謝！
其它軟件：
1、tRNAscan-SE
http://lowelab.ucsc.edu/software/
原文：生物小工具
