近日，簡書平臺發現部分用戶利用平臺從事非法虛擬貨幣炒作等行為，為此簡書平臺開展了對非法虛擬貨幣業務的全面排查和治理，現就相關事項聲明如下： 簡書平臺堅決禁止在平臺內開展、參與...
發簡信
IP屬地：黑龍江
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關于禁止利用簡書平臺開展非法虛擬貨幣業務的聲明 -
選擇壓力分析，從序列下載到結果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
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@Yorleleiyo 是的，這個目錄下會保存劃分到各個Orthogroup內的全部序列
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運行快速，調用簡單，...
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生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運行快速，調用簡單，...
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操作的話可以關注一下QTL-seq和MutMap兩款軟件，可以計算snp index和delta snp index。另外BSA的原理不是直接野生和突變混池，而是二者雜交后的子二代分離個體之間根據性狀進行混池，建議再具體理解一下原理哈。Ryohei 2013年的一篇Plant journal推薦學習
遺傳統計|BSA-seq混合分組鑒定功能基因
分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱為集群分離分析法或混合分組分析法，是從近等基因系分析法演變而來的。常規的育種通常從近等基...
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生信步驟|EffectorP批量預測病原物效應子EffectorP軟件利用機器學習原理，通過事先收集已知的效應子制備訓練集，從而實現病原真菌和卵菌的效應子預測[1]。 EffectorP發展史[2]：1.0版本最初在16年...
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生信步驟|原核生物基因組注釋--Prokka
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個適用于原核生物基因組注釋工具，可以注釋細菌，古菌和病毒基因組。Prokka在預測基因組CDS區域時采用了多種數據庫，...
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全基因組復制 WGD |（一）簡介
01 什么是全基因組復制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因組內的所有序列都發生重復，...
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2021-03-26orthofinder尋找直系同源基因該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者！ 1.OrthoFinder能做什么？ Ortho...
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基因家族分析（2）鑒定基因家族成員鑒定的主要方法為序列相似性比對和功能結構域預測。以苦蕎的MAPK基因家族的鑒定為例。 苦蕎基因組數據處理 下載并解壓后需要使用文件如下：基因組：FtChromos...
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生信步驟｜MAFFT結合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質都是由相似的小型結構域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數據庫中上是否也有一樣保守域的蛋白。而后根據統計...
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生信步驟|轉錄組mRNA數據的有參組裝轉錄組的組裝能夠提供豐富的組學信息，是生物信息學中重要的基礎步驟。測序的下機數據經過過濾，比對，排序，組裝，最終得到轉錄本的全部序列信息。下面我們以稻瘟菌測序數據SRR081...
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甘藍泛基因組中預測的抗性基因豐度的變化
Title： Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapange...
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diamond & blast：DNA蛋白序列比對
導讀 用query基因、DNA序列、16S擴增子序列、蛋白序列比對基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數據庫。Blast準確性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代測序...
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蛋白保守結構域和進化樹常規的MEME和進化樹可視化，以及其它基因結構/注釋信息結合進化樹可視化，TBtools已經做的很好https://cloud.tencent.com/developer/a...
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什么 | 卡通熱圖，還有新玩法？！8月份，我們組織了一次「卡通熱圖」活動，基本集齊「100」種植物的「卡通熱圖」。陸陸續續，可以看到不少優秀的作品，比如最新的這幅花生卡通熱圖。 完美，真是好看。當然，前面也提...
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WGCNA分析中TOMplot熱圖顏色設置前面給大家介紹了 ?[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum%3F_...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關于共線性分析的微信/簡書推送，發現不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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生信步驟|kmc+genomescope進行基因組調查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數據提前進行基因組調查，以獲取其基因組規模，雜合率，重復序列比例，GC含量等信息。從而更好地擬定后繼測序策略。基因組調查可以采用kmer...