近日,簡書平臺發現部分用戶利用平臺從事非法虛擬貨幣炒作等行為,為此簡書平臺開展了對非法虛擬貨幣業務的全面排查和治理,現就相關事項聲明如下: 簡書平臺堅決禁止在平臺內開展、參與...

近日,簡書平臺發現部分用戶利用平臺從事非法虛擬貨幣炒作等行為,為此簡書平臺開展了對非法虛擬貨幣業務的全面排查和治理,現就相關事項聲明如下: 簡書平臺堅決禁止在平臺內開展、參與...
選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力,也稱自然選擇。 在遺傳學中, Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率(Ks)之間的比例。 一般認為,同義...
@Yorleleiyo 是的,這個目錄下會保存劃分到各個Orthogroup內的全部序列
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因在探究功能基因的時候,我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組,逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件,該軟件安裝方便,運行快速,調用簡單,...
在探究功能基因的時候,我們經常需要對所研究的基因/蛋白質進行聚類分組,逐個類群探究蛋白功能。創建同源群可以采用Otrhofinder軟件,該軟件安裝方便,運行快速,調用簡單,...
操作的話可以關注一下QTL-seq和MutMap兩款軟件,可以計算snp index和delta snp index。另外BSA的原理不是直接野生和突變混池,而是二者雜交后的子二代分離個體之間根據性狀進行混池,建議再具體理解一下原理哈。Ryohei 2013年的一篇Plant journal推薦學習
遺傳統計|BSA-seq混合分組鑒定功能基因分離體分組混合分析法(Bulked Sergeant Analysis, BSA)也稱為集群分離分析法或混合分組分析法,是從近等基因系分析法演變而來的。常規的育種通常從近等基...
EffectorP軟件利用機器學習原理,通過事先收集已知的效應子制備訓練集,從而實現病原真菌和卵菌的效應子預測[1]。 EffectorP發展史[2]:1.0版本最初在16年...
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個適用于原核生物基因組注釋工具,可以注釋細菌,古菌和病毒基因組。Prokka在預測基因組CDS區域時采用了多種數據庫,...
01 什么是全基因組復制 多倍化(polyploidy)或全基因加倍/復制(whole genome duplication, WGD)事件是指基因組內的所有序列都發生重復,...
該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者! 1.OrthoFinder能做什么? Ortho...
基因家族成員鑒定的主要方法為序列相似性比對和功能結構域預測。以苦蕎的MAPK基因家族的鑒定為例。 苦蕎基因組數據處理 下載并解壓后需要使用文件如下:基因組:FtChromos...
蛋白質都是由相似的小型結構域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列,那我們就可以根據這些蛋白序列比較其含有的保守域,尋找在蛋白數據庫中上是否也有一樣保守域的蛋白。而后根據統計...
轉錄組的組裝能夠提供豐富的組學信息,是生物信息學中重要的基礎步驟。測序的下機數據經過過濾,比對,排序,組裝,最終得到轉錄本的全部序列信息。下面我們以稻瘟菌測序數據SRR081...
Title: Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapange...
導讀 用query基因、DNA序列、16S擴增子序列、蛋白序列比對基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數據庫。Blast準確性高,速度慢。Diamond速度更快,常用于二代測序...
常規的MEME和進化樹可視化,以及其它基因結構/注釋信息結合進化樹可視化,TBtools已經做的很好https://cloud.tencent.com/developer/a...
8月份,我們組織了一次「卡通熱圖」活動,基本集齊「100」種植物的「卡通熱圖」。陸陸續續,可以看到不少優秀的作品,比如最新的這幅花生卡通熱圖。 完美,真是好看。當然,前面也提...
前面給大家介紹了 ?[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum%3F_...
最近看了幾篇關于共線性分析的微信/簡書推送,發現不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個完全不同的概念,前者主要是基于蛋白水平,蛋白的保守性很...
在組裝未知基因組時,往往需要利用重測序數據提前進行基因組調查,以獲取其基因組規模,雜合率,重復序列比例,GC含量等信息。從而更好地擬定后繼測序策略。基因組調查可以采用kmer...