發簡信
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RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的標準化流程在RNA-seq的分析中，需要對基因或者轉錄本的read counts數進行標準化過程。因為落在一個基因區域內的read counts取決于基因...
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從TCGA數據庫下載數據
從TCGA數據庫中下載數據的方法有多種，常用的方法有：1.從TCGA官網直接下載（數據量小的話可行，數據量太大就pass）2.用TCGA官方工具...
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數據挖掘20210115學習筆記富集分析：GO、KEGG id轉換：bitr() 輸入數據：差異基因的entrezid；所有基因的entrezid KEGG GO 處理GEO數...
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數據挖掘20210114學習筆記GEO數據挖掘 圖表介紹 1.熱圖 ·輸入數據是數值型矩陣\數據框·顏色的變化表示熟知的大小 2.散點圖和箱線圖 箱線圖：輸入數據是一個數值型向...
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數據挖掘20210112學習筆記
tidyr 核心函數 一、數據清理 扁變長(gather-spread) 長變扁 二、分割和合并(separate-unite) 分割 合并 三...
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數據挖掘20210111學習筆記R語言作圖 低級繪圖函數建立在高級繪圖函數基礎上，不能單獨使用 ggplot2語法 1.入門級繪圖模板2.映射-顏色、大小、透明度、形狀3.分面...
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數據挖掘20210108學習筆記函數 函數與參數 (1)形式參數與實際參數 (2)寫函數的函數 function(){ } (3)默認參數：作者會設計很多參數，但只有前1~n個...
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數據挖掘20210107學習筆記數據結構 Vector向量—一維 Matrix矩陣—二維 矩陣：長度相同、數據類型相同；數據框：長度相同、數據類型可以不相同 List列表 列表...
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數據挖掘20210105學習筆記對單個向量進行的操作 （1）賦值給一個變量名，用“=”或“<-” （2）簡單數學計算 （3）根據某條件進行判斷，生成邏輯值向量 （4）初級統計 ...