游離RNA(cell-free RNA,cfRNA)是指存在于體液中細胞外的內源性或外源性RNA,包括mRNA、lncRNA和miRNA等。其中血漿游離mRNA、lncRNA由于攜帶豐富的信息,逐漸成為液體活檢的重要組成部分。想要高效又高質量的提取出血漿游離RNA,我們要搞清楚血液來源樣本的類型有哪些,血漿游離RNA提取方法如何選擇,試劑盒的選擇標準是怎樣的?
一、什么是外周血,什么是全血,什么是血清,什么是血漿?
新鮮的血液(也叫全血,醫學上稱為外周血)加入抗凝劑(如檸檬酸鈉,EDTA等,一般醫院采血都是用抗凝管采集),靜置一段時間,會出現分層的現象。上面淡黃色的半透明液體是血漿,約占55%,下面暗紅色不透明的是紅細胞,約占45%。中間薄薄的一層白色物質是白細胞和血小板,不到1%。紅細胞、白細胞、血小板共同組成了血細胞。
特別提示:不加抗凝劑的血液很快就會凝成血塊,在凝血塊周圍出現的淡黃色的透明液體是血清,血清中不含纖維蛋白原。
簡單來說,全血包括血漿和血細胞(紅細胞、白細胞、血小板),血漿包括血清和纖維蛋白原。
二、血漿游離RNA含量過少,選擇何種方法提取?
常用的血漿游離RNA提取方法主要有酚-氯仿法、硅膠磁珠吸附法(磁珠法)以及硅膠膜吸附柱法(柱式法),其中酚-氯仿法由于其毒性大、提取效率低、重復差等特點并不適宜用于血漿游離RNA提取。目前主要用于血漿游離RNA提取的方法以磁珠法和柱式法為主。由于提取原理上的缺陷,磁珠法的提取富集度和靈敏度遠不如離心柱法,而即使是離心柱法,目前也存在富集倍數偏低的問題。但要獲得大量高濃度的游離RNA,柱式法是目前唯一的選擇。一些生物公司如Qiagen、Takara、Biog等都研發出了比較不錯的血漿游離RNA提取產品。
三、血漿游離RNA試劑盒的選擇標準?
1) 較高的提取得率
在實驗試劑的選擇中,如果選擇不謹慎,很有可能導致提取的RNA濃度過低將無法進一步分析,如基因克隆、基因檢測、微生物核酸檢測、測序、分子雜交等,所以選擇正確的試劑非常關鍵,可以直接提高實驗的成功率。Qiagen、Takara、Biog等公司都具有較為先進的技術,可使血漿游離RNA獲得較高的提取得率。其中,國內Biog所研發的血清血漿游離RNA提取試劑盒(中提)可高效富集提取液體樣本中的低豐度游離RNA,較普通試劑盒的提取濃度大幅提升3倍以上,有效克服了一般試劑盒樣本量大、洗脫液多、RNA 提取終濃度依然較低的缺點,可廣泛用于Northern雜交、RT-PCR、Real Time RT-PCR、cDNA 文庫構建、測序等各種常規分子生物學實驗。
2)提取的RNA純度高
核酸純度一般根據A260/A280比值來判斷。A260/A280是指DNA或RNA在260nm處的吸光值與在260nm處的吸光值的比值,用來表示DNA或RNA的純度的。純RNA的A260/A280=2.0。當樣品被蛋白質或者酚污染的話,A260/A280值會下降。RNA樣品被DNA污染的話,A260/A280值會下降。
使用Q公司血漿RNA提取試劑盒提取的血漿RNA,A260/A280一般在1.8-1.9之間;使用BIOG血清血漿游離RNA提取試劑盒(中提)提取的血漿RNA,A260/A280一般在1.8-2.0之間,使用T公司血漿RNA提取試劑盒提取的血漿RNA,A260/A280比值在1.7-1.9之間。Q公司提取RNA的純度似乎優于國產試劑,但我們提取的RNA是用于PCR檢測,結果并無明顯影響。可能因為Biog公司血清血漿游離RNA提取試劑盒(中提)提取的血漿RNA得率較高的原因,同樣的RNA加樣體積(2uL),Biog試劑盒提取的RNA熒光定量PCR檢測結果CT值要優于Q公司試劑盒提取的RNA。
3) 操作簡便性
就我們曾經用過的以上三種提取試劑盒來說,Q公司的血漿RNA提取試劑盒提取過程大約35min,從樣本處理開始需要個13步驟;T公司血清/血漿游離RNA提取試劑盒整個提取過程需要約50min,從樣本開始處理11個步驟;Biog公司的血清血漿游離RNA提取試劑盒(中提)提取過程大約25min,從樣本開始處理10個步驟。可見Biog公司的血漿游離RNA提取試劑盒(中提)在操作簡便性上具有一定優勢,更適合于較多樣本的檢測。據了解,該產品已通過藥監局備案,也更適合臨床樣本的檢測。