在線工具一般具有“功能強大、操作簡單、無需安裝、用完就走”的特點，輕松實現“用別人的服務器分析自己的數據”。
基因結構繪制
1.Exon-Intron Graphic Maker 工具鏈接：http://www.wormweb.org/exonintron
RNA二級結構
2.Mfold
工具鏈接：http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
3.RNAfold
工具鏈接：http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
蛋白互作網絡
4.String
工具鏈接：https://string-db.org/
基因共表達網絡
5.Coexpedia:
工具鏈接：http：//www.coexpedia.org/
序列Motif
6.MEME
工具鏈接：http://meme-suite.org/
7.Weblogo
工具鏈接：http://weblogo.threeplusone.com/
基因信息查找
8.Genecard
工具鏈接：http://www.genecards.org
序列展示
9.ESPript:
工具鏈接：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
Gene ID轉化
10.BioMart
工具鏈接：http://www.ensembl.org/index.html
11.g:profiler
工具鏈接：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
12.UniPort Retrieve/ID mapping
工具鏈接：https://www.uniprot.org/uploadlists/
13.bioDBnet
工具鏈接：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/
韋恩圖
14.Venny2.0
工具鏈接：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
15.OmicShare 韋恩圖工具
工具鏈接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn
三元圖
16.Ternary plot maker
工具鏈接：https://www.ternaryplot.com/
基因結構分析
17.FGENES
工具鏈接：http://softberry.com/
范例結果：
系統發育分析
18.iTOL
工具鏈接：https://itol.embl.de/
19.Evolview
工具鏈接：http://www.evolgenius.info/evolview/
啟動子預測
20.Promoter Scan
工具鏈接：http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
蛋白一級結構預測
21.PredictProte
工具鏈接：https://www.predictprotein.org/home
22.ProtParam tool
工具鏈接：http://web.expasy.org/protparam/
信號肽預測
23.SignalP 工具鏈接：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
跨膜結構域
24.TMHMM Server v. 2.0
工具鏈接：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
亞細胞定位
25.PSORT 工具鏈接：https://www.psort.org/
蛋白三級結構預測
26.SWISS-MODEL
工具鏈接：https://swissmodel.expasy.org/
27.Phyre2
工具鏈接：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
短序列拼接
28.Cap3 工具鏈接：http://doua.prabi.fr/software/cap3
GO富集分析
29.OmicShare GO富集分析工具
工具鏈接：http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html
KEGG富集分析
30.OmicShare KEGG富集分析工具
工具鏈接：http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html
趨勢分析
31.OmicShare 趨勢分析工具
工具鏈接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend
蛋白結構域預測
32.Pfam
工具鏈接：http://pfam.xfam.org/search
33.SMART
工具鏈接：http://smart.embl-heidelberg.de/
基因組雜合性評估
34.GenomeScope
工具鏈接：http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
圈圖
35.CIRCOS
工具鏈接：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
36.熱圖 Omicshare 熱圖工具
工具鏈接：http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap
注釋工具
37.Omicshare 注釋工具
工具鏈接：https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation
細胞標記
38.CellMarker
工具鏈接：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jspcircRNA數據庫
circRNA
39. circBase
工具鏈接：http://www.circbase.org/
40. CIRCpedia
工具鏈接：http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
small RNA
41. deepBase
工具鏈接：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/
42. sRNAanno
工具鏈接：www.plantsRNAs.org
lncRNA
43. TANRIC
工具鏈接：http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview
44. NONCODE
工具鏈接：http://www.noncode.org/
ceRNA
45. starBase
工具鏈接：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/
46. miRSponge
工具鏈接：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/
序列翻譯
47. ExPASy Translate tool
工具鏈接：https://web.expasy.org/translate/
48. ORFfinder
工具鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
轉載自基迪奧生物
