MITOS2可用于注釋后生動物以及真菌等線粒體基因組注釋,主要注釋線粒體18個核心基因(atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli msh1 mttb nad1 nad2 nad3 nad4 nad4l nad5 nad6)
GitLab下載網站 MITOS GutLib,可用于linux系統上進行分析,
MITOS在線分析網站MITOS在線分析工具,可以將多個個體的線粒體基因組序列合并一起成fasta文件提交
以下講述linux安裝使用
安裝
pip3 install mitos -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
下載參考基因數據庫Reference data,小編這里下載refseq63m.tar.bz2
使用
runmitos.py -i sequence.fa -c 2 -r refseq63m --refdir /path/refdata -o output
參數可以參考在線網站上的參數:
-c參數是選用物種類別,2表示脊椎動物,4表示霉菌,5表示無脊椎動物
-r參考序列庫,自己下載的庫名稱
--refdir參考庫所在路徑