在組裝完成細胞器基因組之后，需要對基因進行注釋。
推薦的網(wǎng)站有：
?Geseq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html
可用于對細胞器基因組進行基因注釋，尤其是植物質(zhì)體基因組。
點擊Upload File(s)，上傳要注釋的fasta格式的文件。
選擇文件是環(huán)形（circular）還是線性（linear）；
選擇文件的類型（sequence source）:植物的質(zhì)體基因組Plastid(land plants)、藻類的質(zhì)體基因組Plastid（algae）、線粒體基因組（Mitochondrial);
?MITOS http://mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py
注釋動物線粒體基因組推薦用mitos
References選項中有:
Fungi（真菌）、Metazoa（后生生物）、Opisthokonta（后鞭毛生物）
Genetic code選項中有：
2 Vertebate（脊椎動物）、4 Mold（霉菌）、5Invertebrate（無脊椎動物gu）、9 Echinoderm（棘皮動物）、13 Ascidian（海鞘類）、14Alternative flatworm（扁形蟲）
最后推薦兩個tRNA的在線注釋網(wǎng)站：
tRNAscan-SE：http://trna.ucsc.edu/tRNAscan-SE/
tRNAscan-SE網(wǎng)頁
打開網(wǎng)站頁面后，點擊下方瀏覽，選擇需要注釋tRNA的fasta格式的文件，點擊Run tRNAscan-SE，等待一會，就會出來結(jié)果。
ARWEN：http://130.235.244.92/ARWEN/
ARWEN網(wǎng)站頁面
打開網(wǎng)站頁面后，點擊瀏覽，選擇需要注釋tRNA的fasta格式的文件
