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3CDB是一個染色質(zhì)空間互作的數(shù)據(jù)庫，根據(jù)特定的關鍵詞從pubmed數(shù)據(jù)庫中進行文獻檢索，查找基于3C技術研究染色質(zhì)互作的文獻，并從中提取染色質(zhì)互作信息，對應的文章鏈接如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4831724/pdf/baw044.pdf
數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下
http://3cdb.big.ac.cn/index.jsp
收錄了來自17個物種，共3319個染色質(zhì)片段互作信息。不同物種數(shù)據(jù)量分布如下
3C實驗涉及到的DNA內(nèi)切酶分布如下
通過首頁的Data Browser菜單，可以從以下四個方面瀏覽該數(shù)據(jù)庫中的內(nèi)容
Species
Cell line
Enzyme
-
Gene
以物種為例，界面如下所示
點擊物種對應的Locus, 可以查看具體的互作信息列表，結果示意如下
點擊第一列的編號，可以查看詳細信息，示意如下
給出了對應的細胞系，內(nèi)切酶，引物，文獻等詳細信息。該數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費下載的，鏈接如下
http://3cdb.big.ac.cn/pages/download.jsp
通過該數(shù)據(jù)庫，可以獲得高可信度的染色質(zhì)互作信息。
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