1. 準備工作：

• 登陸TCGA數據庫GDC界面：https://portal.gdc.cancer.gov/
  
  TCGA GDC界面

• 首先確保Cart中沒有之前的文件記錄，如果有其他文件（即文件數不為0），清空Cart。

  
  
  核對Cart已清空

• 如果Cart文件數不為0，則點擊進入Cart界面進行清空。

  
  
  清空Cart

2. 選擇樣本類型及性質：

• 點擊Repository進入數據倉庫，隨后點擊Cases樣本類型及性質的選擇：
  
  點擊Cases

• 首先確定樣本部位，以前列腺癌樣本舉例：

  
  
  選擇樣本部位

• 選擇樣本來源項目，如果只分析TCGA的樣本，則只選擇TCGA：

  
  
  選擇項目來源

• 我們之前的一些選擇，會不斷縮小樣本范圍，所以我們發現Project選項下只有一個TCGA-PRAD，我們可不用點擊，不選擇表示該選項下的內容都要。
  Disease Type這里根據分析需要進行選擇，這里我為了統一病理類型，進行了選擇。
  Gender無特殊需要可不進行選擇。
  Vital Status一般我們需要進行生存分析的話，就選擇alive和dead的患者，not reported的患者表示生存資料不全，可以進行剔除。
  Age at Diagnosis以及Days to Death根據自己課題需要進行設定，一般情況下默認不設定篩選條件。

  
  

• Race和Ethnicity一般情況下不設定篩選條件，并且這里的nor reported的樣本過于多，我們不進行篩選了，以免丟失過多樣本數。

  
  

3. 選擇組學數據類型及格式：

• 點擊Files選擇數據類型及格式。
• Data Category這里用最常見的轉錄組數據舉例，選擇transcriptome profiling.
• Data Type選擇Gene Expression Quantification，代表蛋白編碼基因和長鏈非編碼基因的測序數據。miRNA基因的測序數據不包含在其中，需要選擇miRNA Expression Quantification而不是Gene Expression Quantification。
• Experimental Strategy只有一個選擇，默認不選，Workflow Type根據自己需求，一般常用的是Counts數據或FPKM數據。
  *一般選到這里就不再點擊其他篩選條件了，而且一般其他選項也只剩一個選項了。

• Access表明數據權限，我們普通用戶只能使用open的數據，如果出現了非開放的數據，記得這里只點擊open。

  
  
  選擇數據類型及格式

4. 下載選擇好的數據：

• 將選擇好的數據加入購物車，隨后點擊Cart進入購物車界面。

  
  
  將選擇好的數據加入購物車
• 在Cart界面分別點擊Metadata(下載注釋文件)以及Download（下載數據）。Download選項提供兩種數據下載途徑：Manifest表示下載Manifest文件后使用gdc-client軟件下載數據（gdc-client下載數據方法），這種方法適合下載大文件；Cart表示通過瀏覽器直接下載，該方法更方便，但是不適合下載很大的文件。
  
• 至此TCGA數據下載已完成。