GDC Data Transfer Tool 下載TCGA數(shù)據(jù)

一、GDC Data Transfer Tool下載

  • GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python開發(fā)的下載程序，在TCGA官網(wǎng)GDC部分可以找到：https://portal.gdc.cancer.gov

  • 根據(jù)自己的操作系統(tǒng)下載


二、運行GDC Data Transfer Tool（Windows操作系統(tǒng)）

  • 將下載下來的壓縮包進行解壓縮，得到gdc-client.exe。將MANIFEST.txt文件和gdc-client.exe放在一個文件夾下。

  • 在該文件夾空白處，點擊鼠標右鍵同時按鍵盤的shift鍵


  • 點擊 在此處打開命令窗口，進入終端


  • 輸入gdc-client download -m MANIFEST.txt （注：-m 后加的是下載好的manifest文件，需要改成自己的文件名。還可以在后方加--latest，表示最新文件數(shù)據(jù)，下載臨床數(shù)據(jù)的時候比較方便）,按Enter鍵，開始下載。
gdc-client download -m MANIFEST.txt 
#or
gdc-client download -m MANIFEST.txt --latest

  • 開始下載的界面：


  • 有時候網(wǎng)絡(luò)不好下載會中斷，可以重新進入終端輸入相同命令，該程序支持斷點下載，會繼續(xù)從下載中斷的地方往后下載。
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