從官網上下載TCGA數據

不知從TCGA下了多少次數據了，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動筆記下來 TAT
本次以肝癌數據為例
操作系統：MAC OS

1. 登陸TCGA網站

https://portal.gdc.cancer.gov

2. 點擊repository
3. File和Case分別選擇如下

4. Add all files to cart
5. 分別下載箭頭處的文件

image.png

Manifest 解釋文件
cart 基因文件
BioSpecimen 解釋生物多樣性的文件
Metadata 樣本對應的文件 TCGA的ID對應
Clinical 臨床信息
注意：manifest一定要進入購物車再下載，不然會出錯！！！

6. 下載manifest轉譯工具

最后得到這樣一個小工具


7. 打開terminal, cd到目標文件夾

./gdc-client download -m gdc_manifest_20190520_022239.txt



就這樣開始啦，中間記得不要斷網哦～

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