Anaconda的安裝可能遇到的問題和使用Anaconda安裝生物軟件實例
我們下載很多的生物軟件后需要給其配置相應的環(huán)境，但是利用Anaconda安裝生物軟件可以直接幫你配置好軟件運行所需要的環(huán)境，簡化了安裝過程，十分方便.我參考周鵬同學的論壇發(fā)現(xiàn)同學分享的方法，這里記錄一些安裝遇到的一些小問題.
一.下載Anaconda
可以將Anaconda下載到自己的Biosofts文件夾
cd ~/Biosofts
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
然后將其解壓
sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
并設置環(huán)境（注意要返回到home目錄下）
cd ../.. #返回到home下
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda --version
配置Python環(huán)境
conda create --name python27 python=2.7 -y
conda create --name python34 python=3.4 -y
conda info -e
并且添加軟件源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
#依次在終端輸入即可，為添加的4種軟件源
conda config --get channels
二.利用Anaconda下載軟件
以bowite2為例
conda install bowtie2
但是很可能會遇到授權(quán)失敗
image.png
這時需要將Anaconda的權(quán)限加入我的用戶及其用戶組
sudo chown -R XXX:XXX home/XXX/anaconda3 #XXX為用戶自己的用戶名
處理好之后會出現(xiàn)
image.png
bowite2就安裝完畢了
（以上步驟在參考了同學分享的文章后做的部分整理）
三.可能遇到的一些小問題
這里是自己遇到的一些導致安裝無法正常運行的小問題，也可以說是一個不好的習慣
在進入終端后習慣性進入超級用戶
image.png
此時可以看見自己其實在root目錄下，也就是說下載的文件會轉(zhuǎn)移到root目錄下而不會在自己的home/XXX目錄下
此時執(zhí)行
chown -R XXX:XXX home/XXX/anaconda3 #為超級用戶，省略sudo.XXX為用戶自己的用戶名
會找不到anaconda3，因為anaconda3在root下，此時我想將他拷貝到home/XXX目錄下.
cd home/XXX #XXX為用戶自己的用戶名
sudo cp root/anaconda3./ #將root下的文件anaconda3拷貝到當前目錄即home/XXX.
但是郁悶的發(fā)現(xiàn)自己的磁盤空間不足，于是想?yún)⒖祭蠋煹姆椒ㄍ卣勾疟P空間，最后由于麻煩我沒有去拓展空間而是重新創(chuàng)建一個磁盤空間組足夠大新的虛擬機重新來過.
并且按照上述方法成功安裝了Anaconda.
