基本思路就是利用phylosuite軟件下載序列，串聯(lián)尋找mrbayes和iqtree軟件的模型，然后用多線程的mrbayes和iqtree跑樹。
1.第一步利用phylosuite下載序列（參考：http://www.lxweimin.com/p/69f0db0bc91f）
2.提取相關(guān)線粒體/葉綠體基因
一般線粒體用13個pcg，葉綠體一般用79個（我這里就用了12個線粒體pcgs序列）
atp6.fas
atp8.fas
cox1.fas
cox2.fas
cox3.fas
cytb.fas
nad1.fas
nad2.fas
nad3.fas
nad4L.fas
nad4.fas
nad5.fas
nad6.fas
3.序列比對，選擇mafft
選擇Codon模式下的PCGs比對，密碼子自己選擇，葉綠體選11套，線粒體選擇對應(yīng)的密碼子表
4.將比對后的序列進(jìn)行修剪，選擇trimAL
image.png
5.將裁剪后的12個比對序列進(jìn)行串聯(lián),主要是生成concatenation.phy文件
image.png
6.將12個pcg基因串聯(lián)的文件進(jìn)行模型選擇，選擇PartitionFinder。
這里我們要跑兩顆樹，一個貝葉斯樹(mrbayes)和一個ML樹（iqtree），所以選模型的時候就分開選擇。
ML
打開phylosuite的PartitionFinder選項卡中，models=all
貝葉斯
打開phylosuite的PartitionFinder選項卡中，models=mrbayes
因為mrbayes需要特殊的nex文件格式，這個也需要phylosuite來做
7.打開phylosuite的mrbayes選項卡，
————記住，不需要運行——————，只需要點擊Show MrBayes Data Black，把里面的內(nèi)容保存，點擊save to file,生成mrbayes需要的nex文件。
image.png
中間是比對的序列
image.png
至于iqtree需要的文件已經(jīng)在第6步的結(jié)果文件中了，叫做IQ_partition.nex
image.png
。
我們只需要把IQ_partition.nex和串聯(lián)的文件concatenation.phy放到服務(wù)器上就可以用iqtree跑了。
8.多線程mrbayes構(gòu)建貝葉斯樹
在此之前需要安裝mpirun和多線程版本的mrbayes
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/downloads/openmpi-2.0.2.tar.bz2
解壓安裝
image.png
cd /your_path/913_mb
mpirun -np 40 /public/nonrootsoft/mrbayes-3.2.7/src/mb ./mrbayes.nex
等待結(jié)果即可
9.iqtree跑多基因樹
iqtree -p IQ_partition.nex -s concatenation.phy -msub mitochondrial -B 1000 --alrt 1000 -T 40
## -p 指定NEXUS/RAxML partition file
## -msub nuclear核基因組/ mitochondrial線粒體基因
等待結(jié)果即可
