第一次做差異剪接分析，rMATS做完后一頭霧水，查閱資料整理了一下結果文件。

• 我使用的版本是v4.1.2，用conda安裝的，軟件的安裝和使用就不細說了，網上已經有很多帖子，這里只對幾種比較重要的結果文件進行解讀。說是解讀，其實也只是翻譯了一下，目的是幫助自己更好理解。

一些重要的區分

JC和JCEC區分

rMATS中，JC是Junction Counts的縮寫，表示跨越剪切位點的reads（暫且叫為JC reads）數量，JCEC是Junction Counts和Exon Counts的縮寫合并，Exon Counts表示不跨越剪切位點的reads數量，JCEC可以理解為所有比對上的reads（暫且叫為JCEC reads）。他們的關系見下圖：

IJC和SJC區分

這里引用一位老哥的帖子https://www.plob.org/article/22921.html，自己做了一些標注

IJC表示外顯子包含的reads數目
SJC表示外顯子跳躍的reads數目

注意，圖中I和S都是外顯子，另外外顯子包含是我瞎起的名字。

rMATS中的AS分類

• SE 外顯子跳躍
• A5SS 5'端可變剪切
• S3SS 3'端可變剪切
• MXE 外顯子選擇性跳躍
• RI 內含子保留

結果文件類型

rMATS生成的文件大致以下幾種：

• [AS_Event].MATS.JC.txt: 只計算Junction Counts（跨越剪切位點的reads）的最終輸出結果
• [AS_Event].MATS.JCEC.txt: 計算了跨越剪切位點的reads和不跨越剪切位點的最終輸出結果
• fromGTF.[AS_Event].txt： 通過GTF文件和RNA鑒定的所有選擇性剪接（AS）事件
• fromGTF.novelJunction.[AS_Event].txt: 考慮了RNA后確定的選擇性剪接（AS）事件，不僅僅考慮GTF文件。這個結果只用跨越剪切位點進行計算。
• fromGTF.novelSpliceSite.[AS_Event].txt: 只用不跨越剪切位點計算的結果。分析時使用參數 --novelSS 才會計算。
• JC.raw.input.[AS_Event].txt: 跨越剪切位點的reads的AS事件計數
• JCEC.raw.input.[AS_Event].txt: 所有reads的AS事件計數

[AS_Event].MATS.JC.txt的結果文件

<font size=1>dfjioan</font>

</font>

summary.txt文件

這里用以下命令對summary.txt進行了轉置，更方便查看

for i in {1..9}; do cut -f $i summary.txt |xargs|sed 's/ /\t/g' ;done

其他文件的表頭信息也差不多。

參考資料：

rMATS差異可變剪切分析 | Public Library of Bioinformatics (plob.org)

rmats-turbo/README.md at v4.1.2 · Xinglab/rmats-turbo · GitHub