北府名將劉牢之雖然受命去征討桓玄，可他一向厭惡驃騎大將軍司馬元顯，他擔心在桓玄被消滅后，司馬元顯會越發的驕橫任性，同時又擔心自己的功勞和聲威越來越高，不能被司馬元顯所容忍。而且，他自恃勇猛無敵，又擁有強大的北府軍，正好可以借桓玄的手來鏟除朝中的當權者，而自己則可以等待著桓玄的漏洞再把他消滅，所以，他對于討伐桓玄這件事并不熱心。

司馬元顯任命劉牢之為前鋒后，自己則白天黑夜地暢飲酣睡，劉牢之幾次去晉見他，都沒有見到，直到晉安帝出來為司馬元顯踐行，劉牢之才在公開場合與他匆匆相遇而已。

劉牢之的大軍駐扎在溧州，參軍劉裕請求進攻桓玄，劉牢之沒有允許。

桓玄派劉牢之的一位族舅何穆去向劉牢之游說道：“請問將軍，從古到今，能夠帶著震懾主上的威望，身負無上的功勛而又能保全自己的人，有誰呢？當初越國的文種，秦國的白起，漢朝的韓信，都曾有幸能為圣明的君主做事，并為之盡心竭力，但是，在他們功業完成的時候，仍然還免不了遭到誅戮屠殺，更何況如今你是被兇狠殘暴、愚蠢昏庸的人所利用呢！你這一次如果打了勝仗，就會被殺了全家，如果打了敗仗，那么，你的家族自然更會遭到夷滅，你難道還以為自己能平安地回去嗎？依我看，不如反過來投靠，那樣就可以永遠保證自己的榮華富貴了。古人有因為用箭射中君主的帶鉤和用劍砍斷君主衣襟的，都不影響他們當上國家的輔佐大臣，更何況桓玄與你并沒有任何宿怨呢！”

（齊襄公死后，公子糾與公子小白爭先入齊為君，在途中，管仲射中小白衣帶之鉤，小白先入為君是為齊桓公，他不記舊仇，任管仲為相，終成霸業，這是著名的“射鉤”事件。斬祛：晉獻公時，公子重耳在內亂中出走，宦官勃鞮追擊中斬下重耳的衣襟，后來重耳回國即位，是為晉文公，對勃鞮不計前嫌，勃鞮也將大臣圖謀反叛的消息報告給晉文公，使文公得免一死。）

當時，司馬尚之已經慘敗，人們的情緒更加恐慌，劉牢之基本上接受了何穆的勸告，與桓玄開始了互相聯系。劉牢之的外甥何無忌與劉裕一起極力勸阻他，他不為所動。

他的兒子劉敬宣也勸說他道：“現在國家衰弱，危在旦夕，整個朝廷的重心與關鍵，都在您與桓玄兩個人手中，桓玄憑借著他父親、叔父所遺留下來的權位與威望，盤踞并占有了整個楚地，割據了晉國三分之二的土地，如果放縱他，讓他有朝一日凌駕于朝廷之上，那么，桓玄的威望聲勢形成之后，您再想圖謀鏟除他，就更加困難了。像東漢董卓之變那樣的災難性戰亂，即將重現了！”

劉牢之憤怒地說：“我怎么會不知道這些！我今天想消滅桓玄那是易如反掌，但是，掃平桓玄之后，你讓我憑什么去對付驃騎大將軍司馬元顯？”

到了三月初一，劉牢之派遣劉敬宣去拜見桓玄，請求投降。桓玄暗地里已經盤算要殺掉劉牢之，于是便和劉敬宣一起宴飲，并把自己收集的一些著名的書法繪畫陳列出來，陪同他觀看欣賞，希望使他心情舒暢放松警惕。

劉敬宣對桓玄的用心根本就沒有任何察覺，桓玄手下那些輔佐的官吏們看見這種情形，沒有不相視會意、點頭暗笑的，桓玄為表示誠意還將劉敬宣暫時任命為咨議參軍。

這邊的司馬元顯剛剛準備出發，聽說桓玄的大部隊已經到了新亭，便馬上棄船上岸，退到城中的國子學中駐守，初三這天，又到宣陽門外排開戰陣，扎下大營。

軍營中人人驚恐不安，都在傳說桓玄的部隊已經抵達南桁。司馬元顯帶著部隊又準備回宮，這時，桓玄的先頭部隊拔出刀來，緊跟在他們的后邊大聲吶喊著說：“放下武器！”司馬元顯的部隊徹底崩潰，四處逃散。

司馬元顯騎著一匹馬跑進了父親府中，只有張法順一個人騎馬緊跟著他。司馬元顯問父親司馬道子有沒有什么辦法，司馬道子也只是面對著兒子哭泣不止。

桓玄派侍中朗毛泰把司馬元顯收押起來，送到新亭，綁在大船的前頭，一條條列舉他的罪狀，司馬元顯哭著求情說：“我不過是被王誕、張法順他們迷惑耽誤罷了。”

初四，晉安帝派侍中到安樂渚去慰勞桓玄，桓玄進入京師，宣稱皇帝下詔，解除戒嚴。于是，朝廷任命由桓玄統領文武百官，都督中外軍事、丞相等等官職，桓玄又將自己的哥哥、侄子、親信等大肆分封。

初五，有關部門上奏，指責會稽王司馬道子放縱酗酒，忤逆不孝，應該斬首棄尸示眾。朝廷下詔，將司馬道子趕出京城、貶到安成郡居住，把司馬元顯及其子司馬彥璋、司馬尚之、庾楷、張法順、等人，全部押到建康的街市上斬首示眾。司馬元顯當權的時候，王誕曾經竭力力保桓修的性命，所以，桓修也為王誕竭力求情，最后將王誕流放到了大庾嶺以南的蠻荒之地去了。

大權在握的桓玄將劉牢之任命為會稽內史，劉牢之大怒，說：“剛掌權就開始來剝奪我的兵權，大禍就要來了。”劉敬宣向桓玄請求回到京口去勸告劉牢之，讓他趕快上任，桓玄同意了。

劉敬宣回到京口后，私下里去找劉裕商量說：“現在，我們應當北上，去到廣陵和駐守在那里的高雅之會和，一同發動部隊，來匡扶社稷，你能跟著我去嗎？”

劉裕說：“當初，將軍以擁有幾萬精壯士兵的實力，對桓玄聽見風聲就去投降臣服，所以，桓玄才有機會得以實現志向，聲威震動天下。現在，從朝廷到民間，人們的心愿都已經歸附到他那里去了，您要去廣陵，怎么可能順利到達呢？我劉裕可要脫下軍服，穿上百姓的衣服，回到京口去了。”

何無忌問劉裕說：“我怎么辦才好？”

劉裕說：“我看鎮北將軍一定難逃一死，你可以隨我回京口去，桓玄如果遵守做臣屬的節度，我和你可以去為他做事，如果他做不到，我們一起想辦法對付他。”

劉牢之將各級將領全部集中到一起，商議據守長江以北的地區來討伐桓玄。

參軍劉襲說：“大丈夫立于世不能做的事情當中，最大的莫過于謀反。將軍在以前反王恭，前些日子反司馬元顯，現在又要來反叛桓玄，一個人連續三次謀反，還能用什么讓自己在天下立腳！”說完，拂袖而去，其他的將佐官吏也一哄而散地走了。

劉牢之非常害怕，派劉敬宣去京口迎接家人，結果過了約定的日期，劉敬宣還沒有回來，劉牢之以為謀反的事情已經泄露，兒子及家人估計已經都被桓玄殺掉了，所以率領現有的部下向北逃脫，跑到新洲的時候，越想越心灰意冷，終于上吊自殺。

劉牢之死后不久，兒子劉敬宣趕到了，他來不及哭喪安葬劉牢之，便渡過長江，投奔廣陵的高雅之去了。劉牢之的手下把他裝殮起來，并把他的棺木運回丹徒。桓玄得知后下令劈開棺木，把劉牢之的腦袋砍了下來，扔到街上示眾。