序列比對和序列特征分析總目錄
一 DNA序列獲取
1GenBank
GenBank
組織結構
以TIGD1基因為例
image.png
特性表
Entrez
2 EMBL的ENA數據庫
EMBL_ENA
可以進行序列相似性搜索
序列相似性搜索
3 DDBJ
DDBJ
二 編碼和非編碼的DNA序列數據庫
1 RefSeq
NCBI的參考序列數據庫
The Reference Sequence (RefSeq) collection provides a comprehensive, integrated, non-redundant, well-annotated set of sequences, including genomic DNA, transcripts, and proteins. RefSeq sequences form a foundation for medical, functional, and diversity studies. They provide a stable reference for genome annotation, gene identification and characterization, mutation and polymorphism analysis (especially RefSeqGene records), expression studies, and comparative analyses
Refseq
特點：綜合，非冗余，明確的核酸和蛋白質序列的對應關系，數據更新快，可靠
2 PseudoGene假基因數據庫
pseudogene
3 STRBase 短串聯重復序列數據庫:short tandem repeat DNA internet database
已經無法打開
具體請參考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/
4 TRDB 串聯重復數據庫:tandem repeats databse
原作https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1781109/
TRDB
收錄基因組DNA序列中串聯重復序列和各種分析工具。
可以進行：
- 串聯重復序列查找工具的下載，查詢和過濾服務
- 基于序列相似性的重復序列聚類，多態的預測
- PCR引物的選擇和數據下載
